真菌界
真菌没有光合色素，除粘菌的吞噬营养外，都是以吸收外界有机物质为生，故是腐食性营养或吸收营养。
真菌界分为2个亚界，即粘菌亚界和真菌亚界。
1.粘菌亚界
粘菌生长在阴湿土壤、木块、腐朽植物体、粪便等上面，细胞没有壁，单核或多核。原生动物学家根据粘菌有变形虫样的单细胞阶段，并能吞食固体颗粒，主张把粘菌放入原生动物之中。但是粘菌有多细胞阶段，它们除吞噬营养外，也能吸收有机物，所以真菌学家也欢迎它们。已知粘菌约有500余种。
多头绒泡菌（Physarumpolycehalum)
在腐朽树干树皮下常可找到，营养期呈裸露的多核原生质体，即原质体（Plasmodium）。原质体靠伪足运动、取食，很像原生动物。条件不利时（寒冷、干燥等），原质体产生包有坚实外壳的菌核，可潜伏多年。条件好转时，菌核又成原质体。原质体的生殖结构为果体，每一原质体可产生多个果体。果体顶端为孢子囊。孢子囊内细胞核经减数分裂而成孢子（n）。孢子有纤维素的细胞壁，这是和植物相同的特性。孢子萌发而产生带有2根不等长鞭毛的配子。配子两两融合，失去鞭毛而成合子（2n）。合子的细胞核连续有丝分裂而成一个多核细胞，即原质体。原质体可互相融合而成大的原质体（可长达25cm）。
盘基网柄菌(Dictyosteliumdiscoideum)
这是一种不成原质体的粘菌。它的营养期是单个的单核变形细胞。它们以土壤中的细菌或腐烂颗粒为食，分裂产生多个变形细胞后，这些细胞分泌“聚集素”（即cAMP）而互相吸引聚集成多细胞团块，称为假原质体（pseudo-plasmodium）。假原质体成熟后产生果体和孢子。孢子也有纤维素外壳。
2.真菌亚界
真菌和细菌一样，也是自然界中强大的有机物分解者。它们以动、植物尸体、枯木烂叶为食物源，也可侵入活的生物体内摄取营养。有些真菌可和藻类等他种生物组成互利的结合体，如地衣、菌根等。
除酵母菌等少数单细胞真菌外，大多真菌是多细胞的。这些真菌形态上的一个共同特征是菌丝。真菌的身体其实就是分支或不分支的菌丝或由菌丝构成的菌丝体。菌丝是特殊形式的细胞，可长可短，其中有细胞核和细胞质。有些真菌的菌丝中有横隔，将菌丝隔成一系列细胞，每细胞中或有一核或有二核，随不同真菌而不同。有些真菌的菌丝中无横隔，菌丝成为一个多核细胞。多数真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
水霉（Saprolegnia）这是寄生在鱼或其他水生动物体表的真菌。鱼体表出现的成片白毛即是水霉的菌丝。菌丝中有多个细胞核，无横隔。菌丝壁主要是一种不同于纤维素的多糖。水霉的全身就是一团菌丝，相当于一个多核细胞。一部分菌丝伸入到寄主的组织中去，吸收营养物，可称为假根，长在外面的菌丝顶端膨大而成孢子囊，从中产生多个有2根鞭毛的孢子。孢子游到新的寄主身上，发育而成新的水霉。菌丝顶端还可发育成精囊和卵囊。两者总是很靠近，精囊中的精子核进入卵囊和卵融合而成合子。合子脱离卵囊，发育而成新菌丝。
水霉的细胞壁不含几丁质而是由多糖构成，水霉的孢子有鞭毛，这些都是水霉有别于其他真菌之处。
接合菌纲（Zygomycetes）：陆生，如黑根霉（Rhizopus)
黑根霉的孢子是黑色的，所以菌体成熟时，满布黑色小粒。馒头、面包上的黑色毛样霉即是黑根霉。
黑根霉的菌丝多核，无横隔，只在形成生殖器官时才以隔分开，菌丝壁主要成分是几丁质。黑根霉的有性生殖和水绵的接合很相似。2个不同接合型（以十、一表示）的菌株靠近，菌丝上生出侧枝，侧枝顶端膨大而成配子囊。配子无鞭毛。2个不同接合型的配子囊互相接触，融合为一，其中配子两两融合而成多个合子。合子经过一段休眠后，减数分裂而成多个单倍性核，其中一个发育成新的菌丝。菌丝成长，顶端发育成孢子囊，产生无数黑色孢子。孢子再萌发成新的菌丝（n）。所以黑根霉的生活史中只有合子是二倍性的，其余阶段，包括菌丝，都是单倍性的。
子囊菌纲（Ascomycetes）：这是真菌中最多的一类，约有30000种。我们熟知的酵母菌、青霉、遗传学中使用的研究材料红色面包霉，以及药用的冬虫夏草、为害禾谷类的白粉菌、赤霉菌等都是子囊菌。
子囊菌一生从无游动细胞，它们完全适应了陆生环境，既无游动孢子，也无游动配子。子囊菌的菌丝有横隔，但横隔上有孔，细胞质可过孔流通。各细胞中有一或多个核，核也可过孔流通。细胞壁的主要成分是几丁质，也含葡聚糖。
大多子囊菌是“雌雄”（+、-）异株的。在有性生殖时，+、-株菌丝顶部膨大，很多细胞核集中其中。两菌丝膨大部分靠拢融合为一，但其中细胞核不融合，而是+、-核两两相对，萌发产生新菌丝。这些新菌丝的每一细胞中也各含+、-两核，可称为双核菌丝。双核菌丝分支，末端细胞分化为子囊母细胞，其中+、-两核融合为一。这个合子核减数分裂生成8个单倍性核。各核发育而孢子，即子囊孢子（ascospores），此时的子囊母细胞即是成熟的子囊（ascus)
子囊菌的迅速大量繁殖主要是靠无性生殖，无性生殖产生的孢子称为分生孢子。
青霉（Penicillium）。是分布广、生活能力很强的子囊菌。菌丝淡绿色。菌丝顶端有分叉之支，如埽帚状，各小支末端有一串分生孢子。分生孢子落地萌发而成新菌丝。青霉素是从点青霉（P．notatum）和黄青霉（Chrvsogenum）提取出来的。
曲霉（Aspergillus）。和青霉相似，分生孢子梗不分支，而成圆球形。制造酱油所用曲霉为米曲霉（A.orygae）。
红色面包霉（Neurosporacrassa）寄生在面包、糕点上，分生孢子紫红色，子囊中含8个子囊孢子。是生化遗传学研究的材料。
冬虫夏草（Cordycepssinensis）寄生于鳞翅目幼体内。成熟时昆虫死亡，从昆虫头部伸出一根肉质的“草”，实即菌丝的有性生殖部分，其中充满子囊。
担子菌纲（Basidiomycetes）：这是我们最熟知的一类真菌。蘑菇、木耳以及植物的各种锈病菌都属担子菌，共有25000余种。
担子菌的主要特征是有担子。担子相当于子囊菌的子囊，能产生担孢子。每一担子上通常生长4个担孢子。和子囊孢子一样，担孢子也是二倍性的细胞核减数分裂产生的。
蘑菇（Agaricus）食用部分是“果实”，称为子实体（担子果，basidiocarps）。用手轻拍成熟的蘑菇，从蘑菇底面散出的小颗粒就是担孢子。担孢子萌发而成菌丝。菌丝内有隔，隔上有孔。细胞单核。这种单核菌丝大多埋在地下，有+、-之分。+、-株菌丝接合后，细胞核不融合，因而产生了双核菌丝或称次生菌丝。次生菌丝生长分支而成紧密的菌丝团，从菌丝团产生子实体，即蘑菇。蘑菇的底面有从中央向外放射排列的叶状菌褶。菌褶也是紧密缠绕的菌丝，担子就长在菌丝的末端。担子上一个细胞中的双核融合，再经减数分裂而成4个担孢子（n）。一个子实体可产生数百万个担孢子。
灵芝（Ganodermaducidum）是有名的滋补剂。
木耳（Auricularia）、银耳（Trinella）是食物珍品。
很多担子菌寄生在植物体内，引起植物病害，如玉蜀黍黑粉菌（Ustilagomaydis），菌丝寄生于玉米植株上，玉米组织受刺激，长大成瘤，其中充满黑色孢子。小麦杆锈病菌（Pucciniagraminis）寄生于小麦、大麦等。
半知菌类（Deuteromyces）：许多真菌至今只见到它们的菌丝和分生孢子，而未发现它们的子囊孢子或担孢子，即未发现其有性生殖，甚至只见到菌丝而未发现任何孢子。所有这些有待继续研究的真菌均属半知菌。
半知菌约共25000种左右。它们大多腐生，也有不少寄生于动植物和人体上，如人的头癣、灰指甲、脚癣（香港脚）等都是半知菌寄生所致。
有些半知菌有捕捉水中小动物如线虫等的能力。它们或是长出粘性小球，用来粘住线虫（如Dactyella），或是由3个细胞形成套环，当线虫伸入时，套环紧缩而使线虫不能逃跑。有趣的是，套环只有在环境中有线虫存在时才形成。如果将此种真菌从土壤中分离出来，用有机培养基饲养，套环就不产生。可见线虫或线虫的分泌物刺激了这种真菌才使真菌发生了形成套环的反应。
地衣门（Lichens）——生物扩展领域的先驱
在干燥的岩石上常有灰白、暗绿、淡黄、鲜红等多种颜色的开花样生物，看起来干枯而无生气，其实生命力极强。这就是地衣.地衣是真菌和绿藻（或蓝藻）的共生体，两者的密切结合使地衣表现为单一的植物体。参加地衣的真菌大多是子囊菌，有时是担子菌。
地衣的生活力很强，只要有日光、水、空气和少许无机盐类，地衣就能生活，这是共生的结果。真菌依靠藻类取得所需营养物，藻类得到真菌的保护，细胞中的水分不致过度蒸发。真菌和藻类都需要无机盐，这可从冲刷的雨水中取得，也可来自真菌分解岩石。地衣可以生活在别的生物难以生存的恶劣环境中，使它得以广泛分布于地球的各个角落。由于地衣能在岩石上生长，加速岩石的风化，促进土壤的生成，因而被誉为生命之先驱：先走一步，创造条件，使其他生物继之而来。
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