小轩辕在人族中一天一天长大，为了轩辕的安全开灵让风伯、柏鉴等开灵道宫护法化身人身在人族保护。自己将一份神念付在轩辕身上，以确保万无一失。
与此同时，人族中的九黎部落正发生着惊世骇俗的变化。上古洪荒，人族、巫族、妖族大杂居小聚居。自然血统相互交融，因此在上古洪荒出现了人与巫结合生的人巫、人与妖结合生的人妖、以及巫与妖结合生的巫妖。
其中这些杂种大多在巫妖大战时被巫妖两族清理了。但少数存活了下来，大多人巫因其天生的神通成了人族的巫师，人妖不被人族和妖族所容被灭杀了，但血统仍在，因此人族中时常产生人妖，巫妖遭遇最惨，被巫、人、妖三族所不容，只得逃到西方在其中一个小头目撒旦的带领下成立了地狱。与当地的野修士组成的神族对抗。
三族杂种虽然已经不多，但三族血脉的混合已经流传下来。九黎族的族长蚩尤便是一个巫族血脉觉醒的人巫，在巫族残余的教唆扶持下野心越来越大，他将族中一百零八名身具巫族血脉的孩子炼成分身，被成为蚩尤一百零八兄弟，个个练就巫族不坏巫身，并惨杀人族，用人族临死前的怨气、怨灵和地煞之气注入分身中成就煞巫之体，煞巫不但刀枪不入，而且粘着肉身和元神皆被煞气沾染必定神魂俱灭。
蚩尤凭着自己的一百零八个分身和巫族的支持不断对周边的部落进行吞并，杀戮其他人族练就魔器，用修真者的魂魄元神练就魔功，妄图恢复巫族的统治。
蚩尤入侵的步伐逐渐接近轩辕所在的有熊部落，虽然轩辕已是内定的人皇，但年级尚小，不能主事。近几年九黎部落的行为几大长老虽然派出一些人进行阻止，但没有人皇带领不能集合人族所有的力量，仍是杯水车薪。
在轩辕成长的过程中，阐教的云中子到有熊部落教了轩辕十年道法，得了一些教化功德并和不周山的半截山头练成了翻天印。
轩辕十八岁时已经接近大罗金仙的修为，于是继承了人皇之位。
轩辕继承人皇之位后立即组织人手讨伐九黎部落，第一次与蚩尤战于渑池，由于蚩尤身怀魔功刀枪不入。轩辕的便宜师傅云中子除了原始天尊替他炼的翻天印实在没什么好的货色，因此轩辕无法杀死蚩尤而败退回有熊部落。
女娲心疼儿子打算炼几件厉害的法宝武器给轩辕，但她身为女圣人天身不喜杀伐，炼不出威力强大的东西。于是就去找开灵，开灵本就觉得亏欠了轩辕，从小没有亲自抚养教管轩辕，此次自然努力表现。
首先将老子已经炼得成为毛胚的轩辕剑要来，然后加入北冥至精，太玄精晶等极品材料，在乾坤鼎中练久了九九八十一天。最后用女娲和自己的圣人之血淬火吸收天地间的杀戮之气，剑成之日天道竟降下天罚要回去此剑。
幸亏女娲和开灵联手才抗住天罚，开灵给此剑命名为天子剑又名轩辕剑，象征轩辕是开灵天地道君之子。开灵然后又用星辰之精炼了一套铠甲。
看到轩辕没有坐骑，便又打劫了一次祖龙。
这祖龙是天地间的第一条龙天生有大神通，又名敖，因为他天生力量太大受到天的嫉妒，无论怎么修炼就是很难突破准圣境界，再加上他天生孤傲得罪不少洪荒强者，被巫妖二族驱逐到了洪荒大洋中，这反而成就了他。他在海中一举一动翻江倒海威力无穷，便呆在了海中，看到他一族只有他一条龙，于是便和其他种族交合产下了许多龙种四海龙王便是他与红、青、黑、白、四条蛇精所生。敖所生的咋兽天生省通广大，或许天怕他生太多龙族影响天道运行，敖的气运很快耗尽，敖也因此身陨。敖与洪荒一匹天马杂交后生下五匹龙马，这五匹龙马可飞天囤地，一驰万里极为厉害。
开灵将五匹龙马降服后变身来到有熊部落。
此时，有熊部落十分紧张。开灵来道部落门口道：“无量天尊，贫道要见你们人皇快快通传，就说有人送人皇兵器坐骑来了。”
不一会儿，便有人将开灵请进部落的大帐。在这里开灵见到了轩辕。之间轩辕身高八尺，眉清目秀却含有一种稳重沉着的气质，双眼精光包含不露极为慑人，开灵看着与自己七分相似的轩辕极为满意。
轩辕首先到：“不知仙长驾临我有熊部落说吃我兵器坐骑不知在哪？”
开灵也不着急，坐在族长的位置上包含慈爱的看着轩辕。然后到：“小子，等不及了。这可是我和你的另一位关系亲密的人费了大力气炼的，可要记得我们的好处。”开灵的言语举动虽极不礼貌，但轩辕去并没有生气，反而觉得此人十分亲切。开灵取出天子剑和铠甲并放出五匹龙马然后对轩辕道：“轩辕，此剑名为天子剑现在叫轩辕剑吧！这铠甲虽不及轩辕剑但也是一件后天至宝。这五匹为龙马可飞天囤地，一驰万里极为厉害，希望你能好好使用他们。”
说完，开灵摸了一下轩辕的头，便破空而去。轩辕急忙喊道：“仙长可否告知道号？”只听见一句：“当你成就人皇道果便会知道。”
轩辕得了轩辕剑和星辰铠甲（轩辕命名）及五匹龙马终于经过两次大战在运距打败蚩尤，因为蚩尤为大巫之身无法杀死，轩辕便用轩辕剑斩断蚩尤头和四肢让无匹龙马将拉到天地五方将蚩尤彻底封印。
轩辕治理人族五十年，人族安安乐乐终于大兴，轩辕将帝位传给颛顼后证得人皇道果，飞升火云宫。
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