康熙同时重用索额图和明珠两人，本意是希望两人相互制衡，防止其中一人擅权坐大，但后来看到这两人把太子胤礽和大阿哥胤褆也卷了进来，还在朝中结成集团相互对抗，严重干扰了朝政不说，还威胁到自己的权力，康熙对此也极为不满。幸好当时康熙正当年富力强之时，摆平这两人还是绰绰有余的。经慎重考虑后，康熙为了保护太子胤礽的地位，他在二十七年（1688年）的时候罢斥明珠，进而打击瓦解“皇长子党”，很快便结束了这两派的恶性竞争。
明珠被罢斥，却使得“太子党”人活动频频，日益猖獗，由此太子胤礽的权势也与日俱增，越来越多的大臣们为了将来的升官发财，纷纷趋赴太子门下，隐然已经形成了朝廷以外的第二个权力中心。
作为“太子党”首领的索额图更是上蹿下跳，四处奔走，他利用各种机会提升太子的地位，树立太子的权威。譬如索额图在制定太子仪制的时候，授意太子的衣物一律使用黄色，将其规格几乎抬高到和皇帝一样，每年三大节，太子在主敬殿接受百官朝贺，行二跪六叩礼。康熙发现后，对索额图非常不满，说：“太子所用的仪仗等物，太为过制，与朕所用相同”。康熙的意思是说，太子是太子，皇帝是皇帝，两者是有本质的区别的，他似乎隐隐感觉到一种潜在的威胁。
康熙对索额图的不满，也可以说是由来已久的。康熙三十五年（1696年）的时候，索额图随同康熙亲征噶尔丹，当时康熙亲率中路军、大将费扬古、孙思克则率西路军两路分进，后来由于西路军被风雪所阻，未能和中路军如期会师，导致中路军有所突前。索额图一向畏缩怕死，当时噶尔丹散布谣言说马上有六万俄罗斯兵前来增援，他当时就听信了，加上西路军没有按约会合，他一慌张便力请康熙回銮，让中路军先脱身再说。最后，西路军孤军迎战，所幸在费扬古、孙思克的率领下，西路军在昭莫多和噶尔丹血战一场，结果噶尔丹惨败，仅以身免。
康熙为索额图的退兵之议感到十分的羞耻和屈辱，当时激愤得泪流满面，说：“朕一意前进，以剿灭噶尔丹为念。不知索额图等视朕为何如人也！今朕失约即返，则西路之兵不可问矣！”
索额图懦弱怕死已经不是第一次了，早在吴三桂叛乱之时，他就因为临敌怯懦、畏手畏脚而遭到康熙的申斥，越是关键时候，索额图就越是如此，这一次也不例外。索额图被痛斥后，觉得没脸见人，回来后便向康熙提出致仕（退休）。但是，索额图虽然屡误大事，但偏死不认错，被罢官后对康熙多有怨言，自己又不甘寂寞，便勾结了一些党徒，趋奉太子胤礽，企图东山再起。
再说这时的太子因为熏染恶习，康熙屡加警告后依旧顽冥不灵，这时也有失宠的危险，这时索额图和胤礽就更加抱团在一起，经常潜谋国事，发泄自己的怨恨。康熙四十一年（1702年），康熙带着胤礽等皇子南巡途中，走到德州的时候，胤礽突生急病，康熙为了让胤礽更快的复原，特意把索额图召来负责看护事宜。因为胤礽生病，康熙一行人在德州耽误了十多天，后来康熙便取消了这次南巡而返回了京师，但胤礽的病情并未完全好转，于是康熙便命索额图继续留在德州照顾太子，直到康复。
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