澎湖决战，基本上摧毁了郑氏统治集团的军事力量。鉴于此，总督姚启圣即奏请立刻攻取台湾。他认为：澎湖一战，郑军惨败，所有精锐，尽行斩弱，所有船只，尽行焚毁，郑军几成全军覆没，故应乘胜直捣台湾，似不宜迟，倘若让海贼将台湾隘口收拾坚固，使后日骤难攻克也。
施琅仍坚持出征前提出的作战方案。他认为台湾本应乘胜进剿，但攻克澎湖后，大小战舰损破甚多，需要修理制造，新附投诚兵众未便遽用，而征兵名额不足，也须移咨总督选凋精壮陆师官兵前来补用，尤其是台湾港道迂回，南风狂涌，深浅奠辨，似应少待八月或十月乘顺北风进剿，方为万全。同时，施琅更考虑到澎湖为台湾咽喉，既得澎湖，他当即分拨船兵在八罩、将军澳、南大屿、龙门港、吼门与吉贝屿等岛，倍加巡嘹，以抑其吭。这样，残孽败遁之余，眼见清军逼临门庭，就会不战自溃，内谋自应，乘敌危亡之际，急令招徕，实现和平方式解决台湾问题。如不成，继之以军事征剿。
康熙皇帝接到姚、施的澎湖捷报之后，就谕令户部、兵部：不拘何项饯粮，尽见在者，准其动用，毋致贻误。为了鼓励将士，忧血兵丁，康熙还给进征台湾的官员兵丁按照进剿云贵事例，从优加级赏赉。但他考虑到以兵力攻取台湾，则将士劳瘁，人民伤残，他同意施琅的意见，特发诏令招降郑克爽。
经过澎湖海战，台湾的军事力量已基本被摧毁。继而施琅又实行优待俘虏与恤民政策，他严禁乱杀战俘，下令戮一降卒抵死，对受伤的降卒，给以米粥酒肉，另派医生为他们敷药包扎，遣送部分战俘回归台湾，让他们去同自己的父母妻子团聚，施琅还特地召见遣返的战俘说：朝廷是不得已用兵的，你们既已投诚，所有罪行就统统赦免了。你们回去后，要告诉台湾人民，务必速速来降，少缓则为澎湖之续矣！由于施琅妥善地安插投诚，抚绥地方，人民乐业，鸡犬不惊，台湾兵民闻风俱各解体。
这时，郑氏政权内部就降与守的问题展开了一场激烈的论争。作为台湾的最高军事指挥官并左右着台湾政局的关键人物刘国轩，自澎湖败纫，心胆俱裂，更鉴于清师逼临门庭，台湾兵民群情汹汹，魂魄俱夺，众心摇动，处此危亡之际，他认为台湾惟有投降才是惟一的出路，于是，他力排异论，首创降议。
建威中镇黄良骥认为澎湖失守，台湾势危，主张取吕宋为基业。中书舍人郑德潇当即呈上吕宋地图，也陈述吕宋可取事宜，他们的建议很得郑克爽、冯锡范两人的赞同。刘国轩则竭力反对说：今澎湖已失，人心怀疑，苟辎重在船，一旦兵弁利其所有而反目，后果不堪设想。郑、冯二人只好放弃前议。接着冯锡范提出分兵死守。刘国轩则予以驳斥，他明确指出：众志瓦解，守亦实难，不如举全地版图以降，量清朝恩宽，必先赦宥。他又竭诚劝导郑克爽说：人心风鹤，守则有变，士卒疮痍，战则难料，当请降。
正在郑氏集团关于降与守的争议未定之时，施琅已派遣原刘国轩部属曾蜚前来招抚。刘国轩要郑克爽命礼官郑平英等到澎湖军前请降，郑克爽思虑民心已散，谁与死守？浮海而逃，又无生路，惟有投降了。刘国轩就让郑克爽立刻调郑明等登岸，拨兵监守郑氏子孙，严防他们漏脱遗祸。
康熙二十二年（1683）闰六月初八日，郑克爽差协理礼官郑平英，宾客司林维荣带了降表和给施琅的信，刘国轩派朱绍熙、曾蜚同行，他们一起到澎湖见施琅。郑方要求剃发称臣，仍居台湾，永为朝廷屏翰。施琅果断地加以拒绝，声称：若果真心投诚，必须刘国轩、冯锡范亲来澎湖军前面降，将人民土地悉入版图，所有投诚官兵，遵旨削发移入内地，一概尊听朝廷安辑。若不从，立即督军进征。总督姚启圣也立即转奏请颁赦招抚。
康熙得到台湾愿意归降的奏报，马上下了一道诏谕给郑克爽、刘国轩和冯锡范等。诏谕称：尔等倾心投诚，率所属军民官兵悉行登岸，从前抗违之罪，尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。倘仍怀疑，犹豫迁延，大兵一至，难免锋镝之危，倾灭身家，噬脐莫及。又上谕差往料理台湾兵饷的工部侍郎苏拜、郎中明格里说：若郑氏来归，即令登岸，善为安插，务俾得所，勿使余众仍留原地，此事甚有关系。
同年七月十五日，郑克爽差兵官冯锡硅、工官陈梦炜，刘国轩遣胞弟刘国昌，冯锡范遣胞弟冯锡韩，同曾蜚、朱绍熙赉送降表文稿再到澎湖施琅军前缴纳。他们恳请施琅发给告示，张谕削发，俾得遵依。次日，施琅遣侍卫吴启爵、笔帖式常在同冯锡硅、陈梦炜、曾蜚、朱绍熙带安插告示往台湾晓谕。吴启爵等一到达台湾，郑克爽率刘国轩、冯锡范等文武官员齐集海埏迎接。之后立即将安民告示在各处张挂。郑克爽令全体兵民遵旨剃发。
然而，刘国轩却担心台湾新附，人怀危疑，担心出现动乱。于是，他一面差红旗官巡缉密布提防；一面遣曾蜚等去澎湖催促施琅速来台湾弹压。随后，施琅就部署部分兵船留守澎湖，自己于八月十一日统率舟师向台湾进发，十三日到达台湾。
这时，郑克爽遣礼官郑斌率领父老，乘坐小船，出鹿耳门迎接，自己亲率刘国轩、冯锡范等一批文武官员齐集海埏恭迎。清师随着郑船徐徐进入鹿耳门。郑克爽、刘国轩、冯锡范等文武官员于十八日全部剃发，清方按清制逐一分发给他们不同等级的袍、褂、外套、靴帽等。随后，施琅命广贴《谕台湾安民告示》，劝谕台湾地方官员、百姓、土番人等，各宜乐业，无事惊心，收成在迩，务农毋荒，贸易如常，垄登有禁，官兵违犯，法在必行，人民安上，事勿自缓。之后，施琅亲至延平王郑成功庙告祭，历数郑氏开发台湾功绩。
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