（一）军事领导机构
１。中央军事领导机构
南朝的中央军事领导机构主要为中军和尚书省两个系统。
中军是南朝各代的重要军事力量。南朝中军的主要部分是六军，即领军、护军、左卫、右卫、骁骑、游击六将军所统军队。此外，还有左军、右军、前军、后军四将军所统军队，称为四军；又有虎贲中郎将、冗从仆射、羽林监所领将士，谓之三将；又有屯骑、步兵（梁为步骑）、越骑、长水、射声五校尉所领将士，谓之五校尉；还有积射、强弩二将军所统军队。萧梁时，曾改六军中的骁骑将军为云骑将军，游击将军为游骑将军，另置左、右骁骑将军和左、右游击将军，位在云骑、游骑将军上，也属中军之列。上述诸军皆为中军，但六军为中军主力。中军中的左、右卫二军宿卫宫阙，其余诸军宿卫京师各地。中军职掌宿卫，有战事时亦须外出征战。宋武帝曾下诏：有征讨悉配以台见军队，行还复旧.所谓台见军队，即指中军。
六军中的领军将军，是中军首领，资历名望轻些的称中领军，史称领军将军一人，掌内军。内军即中军。由于领军将军掌管天下兵要，权力很大，南朝人称其为端戎。中军中的另一首领是护军将军，资历名望轻些的称中护军。护军将军权力也很大。与领军将军并称领护，时诸为将军官，皆敬领护。南朝人称其为总戎。关于护军将军的具体职掌，《宋书？百官志下》说：护军将军一人，掌外军。这里所谓的外军，应该有两层含义。一层是指与领军将军具体职掌的内军相对而言，也即中军中的外军。南朝领军将军的具体职掌的内军，从史籍记载看，是指中军中驻于京师建康台城（宫城）之内的宿卫兵，而护军将军所掌管的是虽也宿卫京师，但不负担宫阙宿卫的其他部分中军。另一层是指与中军相对而言的外军，即各地都督所领军队。刘宋蔡廓论诸官位次时曾说：今护军总方伯，而位次故在持节都督下。说明护军将军有掌管外军的权力。但史籍中有关护军将军直接掌管都督军队的记载却不很明显，这或许是外监（详后）
侵权以及都督中外诸军事常居其上的缘故。护军将军虽为中军首领，但地位要低于领军将军。
南朝中军的总兵力不见具体记载，但一般认为数量很少，远不如魏晋时的中军。然而从南朝中军的几次出兵看，其总兵力亦当有１０万人左右。又梁武帝萧衍于齐末进攻建康时，东昏侯萧宝卷遣征虏将军王珍国等列陈于航南大路，悉配精手利器，尚十余万人。随后，东昏侯悉焚烧门内，驱逼营署、官府并入城，有众二十万.上述军队中虽包括入援京师的外军在内，但也说明中军的兵力之多。由此可见，南朝中军的实力未必很弱。事实上，南朝各代的开国皇帝，大多是在前朝出任领军将军，掌握中军大权后，才得以篡权自立的。这说明中军在当时是一支具备相当实力，并在当时政治斗争中占有重要地位的军事力量
南朝各代太子东宫的宿卫兵，也是当时京师的一支军事力量。东官兵包括太子左卫率、太子右卫率所统将士；还有太子屯骑校尉、太子步兵校尉、太子翊军校尉、太子虎贲中郎将及殿中将军等多人，他们或领兵，或为太子身边的高级侍从武官。由于太子的皇储身份，东宫兵实力很强，最多时达万余人。东宫设太子詹事一官，职比朝廷尚书令及领军将军，总理东宫宿卫等事。东宫兵由太子亲自掌管，自成系统，不隶于领军将军，宋世曾规定，东宫兵不得进入台城。但朝廷有战事时，东宫兵须接受皇帝调遣，出征作战。
尚书省是南朝中央军事领导机构的另一系统。魏晋以降，尚书省成为封建王朝的中枢行政机关。南朝尚书省设五曹尚书，分理朝政，其中有五兵尚书一人，专总兵事。五兵尚书下辖中兵、外兵，骑兵等曹郎，分头理事。刘宋曾一度废置五兵尚书，但中兵、外兵二曹郎不废。南朝各代有战事时，由皇帝下诏，尚书下符，调遣指挥全**队。
除特殊时期（如权臣当政）外，南朝的最高军政大权掌握在皇帝手中，各军呈领导机构都须向皇帝负责，军队的最高指挥权在皇帝手中。由于皇帝自己不可能亲自掌管军队，而他们对于掌握军事大权的领、护将军又不放心，于是南朝皇帝在利用寒人掌机要的同时，更设置外监（制局监）这一机构，由其幸臣任职，专掌军事，以便加强对军队的控制。在这种情况下，外监成为与领、护将军平行的军事领导机构，因而其与君主的密切关系，有时更凌驾于正常军事机构之上。如齐武帝时吕文度为外监，**兵权，领军将军守虚位而已。但如果任领军将军者威望较重，或深得君主信任时，便可正常发挥职能，并可使外监置于其统辖之下。如宋文帝时，赵伯符出任领军将军，先是，外监不隶领军，宜相统摄者，自有别诏，至此始统领焉。又宋孝武帝去世前，也遗诏命将外监事委以领军将军王玄谟。总之，南朝的外监成为与领护军将军平行的又一军事机构，这虽加强了君主对军队的控制，却也带来了军事指挥上的混乱等弊端。
南朝除皇帝之外，也设有总理全**队的都督中外诸军事一职。任此职者，有权指挥全**队，等同全国最高军事统帅。南朝各代的开国君主都曾在前朝担任此职，从而凭借军权夺得皇位。
２。地方军事领导机构南朝的地方军事领导机构包括都督和州郡两个系统，这两个系统的军队统称为外军。
魏晋以降至于南朝，都督的设置已成制度。都督府成为南朝地方上的重要军事领导机构。南朝都督沿袭两晋，按权力大小分为使持节、持节、假节及都督诸军、监诸军、督诸军等各种名号。承两晋以来都督滥设的趋势，南朝都督遍设于境内各地。都督所督区域少则数郡，多则数州，最多有督１６州者。都督概兼刺史，既掌军，又治民，成为居于州之上的地方军政长官，其都督府遂成为一方军事领导机构。南朝都督拥有的兵力十分可观，所谓群蓄岳峙，锐卒精旅，动有万数。有些大州都督所拥有的兵力更是大得惊人，如刘宋沈攸之为都督荆湘等８州军事，荆州刺史，有战士十万，铁马二千。因而南朝各地的都督军队，不仅在总数上大大超过朝廷的中军，即或某些大州都督一州的兵力，也足以与中军相匹敌，这也是南朝时期内轻外重政治军事形势的根源所在。
南朝都督所统军队属于中央直属军。都督出镇，常由中央配以军队。刘宋世，晋熙王刘燮任郢州刺史，即由朝廷配以实力，出镇夏口。又朝廷派中军出讨，有时即留于方镇。如刘宋护军将军萧思话率精兵３０００助镇彭城（今江苏徐州市），不久他转为监徐兖等四州军事、兖徐二州刺史，其所领中军遂转为都督军队。总之，都督军队常由朝廷配给，其性质是中央直属军队，都督皆由中央任命，君主有对其征召调遣的权力，朝廷对他们也常有一些具体限制。如宋孝武帝曾诏令刺史守宰，动民兴军，皆须手诏施行。都督概兼刺史，这自然是对他们的限制。此外，南朝某些时期的都督或攻日战时，莫不仰听成旨，或自非临军作战，不得专杀。这些显然都是对其权力的限制。但南朝都督既已成为一方军政长官，某些大州都督的实力又足以与中军相匹敌，完全有条件抗命不遵，乃至起兵谋叛。因而南朝方镇起兵向阙者史不绝书，而齐梁二朝的开国皇帝更都是以方镇军队起事成功，从而夺得帝位的。
南朝州郡皆有兵，州郡兵为地方军队，也称作外军。州郡是都督之下的地方军事机构。这里所讲的州兵，对南朝为数不多的未设都督的州来说，即指州所拥有的地方兵；而对设有都督即一州有府、州两套官僚机构的州来说，则指原州系统下的州兵。州刺史僚属中有祭酒从事史一职，置员随州之大小不等，主掌兵事，但州兵的最高指挥权在刺史手中。南朝郡守下设尉一人，主掌兵事，但郡兵的指挥权也是在郡守掌握之中。州郡兵的主要职责是维持社会治安，保证封建统治秩序。州、郡根据大小领兵不等。以郡来说，多者有兵数千，少者也有数百。州郡无权擅自出兵，受所隶都督指挥，有战事也直接听命于中央。
（二）军队的编制及军兵种
１。军队编制南朝军队的编制序列大致为军、幢、队、什、伍等单位。
南朝军队最高一级的建制单位是军，当时出兵作战防戍，大体皆以军为单位。刘宋明帝时，殷孝祖为前锋都督进讨雍州刺史袁凯，前锋有五军在虎槛，五军后又络绎继至。南齐时，为防北魏南进，于梁山置二军、南置三军、慈姥置一军、洌州置二军、三山置二军、白沙洲置一军、蔡州置五军、长芦置三军、菰浦置三军、徐浦置一军。军的首领称军主，副首领称军副，各军皆置军主、军副，负责指挥全军。一军所领兵数，史籍没有明确记载，但从一些散见史料可推知大概情况。南齐时，豫章王萧嶷曾命帐内军主戴元孙率２０００人出外作战。齐末梁武帝萧衍起兵时，石头军主失僧勇率水军２０００人归降。梁末侯景之乱时，荆州刺史萧绎遣步骑一万，使援京师。另一史料记载此事说萧绎凡遣五军入援京师。据此，则一军约有兵力２０００人。此外，当时还有１５００人之军。如刘宋时，荆州刺史沈攸之曾派军主孙同、沈怀奥率军３０００人援助京师。梁武帝时，军主王怀静筑城戍守肥水堰，后北魏攻陷其域，千余人皆没。齐武帝也曾遣军主张应期、邓惠真率三千人袭豫章。另有一些军只有兵力１０００人，如宋明帝时，军主王敬则率１０００人隶于刘怀珍麾下出征。又宋陈显达为军主时，率１０００人镇守下邳。根据以上的史料，南朝正常建制的军所拥有的兵力分别为２０００人、１５００人、１０００人三种情况。这其实并不奇怪，与当时的置军情况正好吻合。
东晋南朝袭西晋旧制，诸王国根据户数分为大、中、小三等，大国置上、中、下三将军……次国置中、下二将军；小国置将军一人。而依据晋制，王国置军，大国中军二千人，上、下军各千五百人；次国上军二千人，下军千人。可见自西晋至南朝，军素来有２０００人、１５００人、１０００人之分。
其中２０００人及１５００人的军多为中军或大州都督所统军队，而且更为常见。
军以下的建制是幢。幢介于军与队之间，因此当时常军幢或幢队并称。宋竟陵王刘诞反叛时，其幢主孙安期率兵队出降。说明幢的建制在队之上。幢是紧接军以下的一级作战单位。宋江州刺史刘骏起兵讨伐刘劭，即分麾下以为三幢，（刘）道隆与中兵参军王谦之、马文恭各领其一。从史籍记载看，幢主的地位不低，如宋蒯思以宁远将军领幢。宁远将军虽为小号将军，但当时以小号将军出任军主的却不在少数。又宋卜伯宗以正员将军为幢主，而正员将军属宫廷宿卫将领，地位当然不低。而与他同时的皇甫仲远以正员将军出任军副，可见幢主身份地位与军副相差不多。这表明，幢应为仅次于军，而高居于队之上的一级建制。一幢的兵力大约为５００人，如宋时，幢主杨仲怀领五百人居前，后仲怀所领五百人死尽。又《宋书？索虏传》称：城内有虏一幢，马步可五百。此虽指北魏军队，但也可作为南朝军队编制的参证。
幢以下的建制单位是队。队是南朝军队除什、伍以外最低的基层单位，队设队主、队副各一人，负责统带全队。一队大约有兵５０人。西晋皇帝出行仪制中有步骑兵卒三十队，每队五十人。刘宋兼用汉、魏之礼，此种仪制应与西晋相同，因晋与汉魏在制度上本是一脉相承。刘宋诸镇常行，车前后不得过六队。一队５０人，则为３００人。也与当时情况相符。又宋王僧达为征虏将军、吴郡太守时，朝廷许其领兵，台符听置千人，他却辄立三十队，队八十人。④正因为王僧达所领队数及每队人数都超出规定，史家才特意指出其以八十人为一队。队主由于所统兵力不多，身份地位很低，宋衡阳王刘义季手下队主续丰母者家贫，无以充养。关于队的兵力还有一些特例。东晋末年，刘裕进攻刘毅，攻破江陵时，大城内，（刘）
毅凡有八队，带甲千余……金城（内城）内……尤有六队千余人。这里的队有百余人至二百人许。又刘裕北伐后秦时，遣白衣队主丁旿率七百余人……为却月阵。一队竟有７００余人。上述队所有的兵力属于特殊情况，不是队的正常建制。
队以下是什、伍等传统的军队基层建制，按传统惯例，十人为什，设什长一人；五人为伍，设伍长一人。
２。军兵种南朝军队主要由水、步、骑等兵种组成。
南朝的地理特点是江河湖泊星罗棋布，水运便利，而且先后以黄河、淮水、长江为守，因而其水军极为发达，是军队中的主要兵种。南朝各代出兵，或以舟师为主，或必辅以舟师。宋元嘉末年，北魏逼近长江，宋文帝令太子刘劭总统水军御敌，时陈舰列营，周亘江畔，自采石至于暨阳，六七百里，船舰盖江，旗甲星烛。宋南郡王刘义宣起兵反叛，率众十万发自江津，舳舻数百里。陈初，陈武帝陈霸先命临川王陈蒨率兵西讨，以舟师五万发自京师。
南朝水师比前代有很大发展，一是战船种类大大增多，二是所用攻具比前代有了进步。南朝水师的战船很多，有平虏、金翅、青龙等大型战舰，又有蒙冲、斗舰等各种名称的小型战船，还有拍舰、水舫、水车等多种专用战船。大型战舰上建有重楼，故又统称楼船。楼船一般修建三层重楼，高达十余丈，船四周列防护女墙，上开有弩窗矛孔，并在甲板设置抛车，可以抛掷垒石等物。由于楼船既可远攻又可近搏，颇具威力。小型战船专门用来冲锋陷阵。蒙冲战船以生牛皮蒙体，不畏矢石，船仓开设掣棹孔，划船水手皆在舱内，船上左右前后皆设有弩窗矛**，敌人不能接近。由于此船防卫性能好，速度快，常用来冲锋，在敌人猝不及防时，快速冲破敌阵。斗舰上设有多重防护女墙，专门用来与敌舰正面冲杀。当时小型战船还有多种多样，名称各异。梁末侯景之乱时，叛军侯子鉴有■■千艘……两边悉八十棹，棹手皆越人，去来趣袭，捷过风电。看来这是一种轻型战船，是唐杜佑称为走舸的一种。专用船只中，拍舰即古代炮舰，可以发射掷远兵器（南朝拍舰，在舰只的前后左右设置6架抛石机，全舰可容纳800名士兵）。火舫、火车等船，大约是用于火攻的战船。南朝水师的武器装备也比以前有了进步，像矛、弩等兵器都在战船上得到广泛使用，但水军中最主要的新型武器是拍的普遍使用。陈初，侯安都进攻叛将留异，起楼舰与（留）异城等，放拍碎其楼雉。又陈平定华皎叛乱时，阵将吴明彻等募军中小舰，多赏金银，令先出当贼大舰，受其拍。贼舰发拍皆尽，然后官军以大舰拍之，贼舰皆碎，没于中流。陈时平定王琳之乱时，定州刺史章昭达乘平虏大舰，中江而进，发拍中于贼舰。从史籍所记载拍的使用情况看，所谓拍实即古代利用杠杆原理抛射石块等物的抛石机。东晋时，杜弢义军曾于战船之上竖木桔槔以攻官宫，而抛石机正是中立独竿首，如桔槔状。南朝的拍，即从东晋水师所用的木桔槔发展而来。前边提到的拍舰，可能即是大量设置抛石机以从远处轰击敌舰的专用战船。古代抛石机又称炮，所以拍也可以称炮。《陈书？黄法■传》称施拍加其楼堞，而《南史》同传称炮加其楼堞.所以拍舰实即古代炮舰。拍的广泛使用，加强了南朝水军的战斗力。
步兵也是南朝军队中的主要兵种。南朝各代宿卫守边，攻伐征战，都离不开步兵，有时水军弃舟登岸，即成步兵。步兵在南朝军队中占有极其重要的地位。
骑兵因其速度快，冲击力强，在古代战争威力最大。骑兵也是南朝军队的主要兵种。南朝各代，常以骑兵出征作战，如宋文帝时，骁骑将军段宏就曾率精骑８０００人，配合到彦之北伐。但从总体上看，南朝骑兵不够强大，远不如其水、步军那样发达。南朝境内大部分地区不产马匹，马匹资源始终比较贫乏。素称兵马大镇的雍州，在梁武帝萧衍起兵时，仅有马千余匹。
宋荆州刺史沈攸之有战士１０万，战马也只有２０００匹。而这已是南朝强藩拥有骑兵的最高数字。即便朝廷的中军骑兵，从几次出兵的情况看，似也不过万余人。因此宋沈庆之论及南北军事时说：马（指北魏军）步（指刘宋军）不敌，为日久矣。说明南朝军队在脱离了适宜水军作战的南方后，就要以步兵为主了。
（三）兵役制度
南朝各代通行的兵役制度是世兵制、征兵制和募兵制。
魏晋以来，世兵称为军户或士家.军户与普通民户分立户籍，其户籍由军府管辖，军户不经放免，要世代为兵。由于长期的战争消耗、私家分割及世兵逃亡等原因，南朝世兵逐渐减少。又由于军户身份的卑贱，除了一部分罪犯及被征服者被充为世兵外，没有人肯于加入世兵行列。因而整个南朝时期，世兵的数量日益减少。此外，世兵的卑贱地位，极大地影响了其士气和战斗力。世兵数量的减少和其战斗力的日渐低下，使南朝的世兵制日趋衰落。南朝统治者为提高世兵的士气和战斗力，常以放免军户为平民的办法来刺激世兵为其效力。但这并不能挽回世兵制日见衰落的趋势。南朝的世兵，已达不到维持封建统治的目的。
代世兵制而成为南朝主要集兵方式的是募兵制。募兵，即招募人丁自愿为兵。募兵可以选择身强力壮、身负军事技艺的劲勇为兵，因而募兵的战斗力很强。南朝的募兵分为公、私两种。所谓公，指朝廷诏令准许的募兵；私，则指将领或豪强私自募兵。
南朝各代的军队，大体都靠募兵补充。宋元嘉末年北伐，曾募天下弩手，不问所从，若有马步众艺武力之士应科者，皆加厚赏。宋明帝时，因四方反叛，曾遣黄回募江西楚人，得快射手八百，假（黄）回宁朔将军、军主。萧齐时，防戍北边与北魏对垒的军队人，多为募兵组成。南朝时期，朝廷有事时经常下诏募兵，这属于朝廷的公开招募。不经朝廷允许的私家招募在南朝更为盛行。宋中期以后，内外战乱频仍，各统兵将帅常私募将士。由于私家募兵毫无限制，齐高帝萧道成代宋后，立即下诏禁断，称：设募取将，悬赏购士，盖出权宜，非曰桓制……自今以后，可断众募。但此后的私募之风，并未因此而砬弱。齐末梁武帝萧衍起兵时，即颇招武猛，士庶向从，会者万余人。梁末侯景之乱，江南地方豪强峰起，他们的武装大都由募兵组成。陈武帝陈霸先以平定侯景之乱起家，他的军队也由募兵组成。他经过几次招募，终于组成一支颇具战斗力的精兵，后遂凭此夺得帝位，建立陈朝。
南朝募兵是军队的主要来源，通过招募集兵是当时最重要和最普遍的方式。不论公私，募兵都不是终身为兵，应募者在一定期限后，可以免去当兵的义务。募兵的身份地位较世兵要高，这有助于南朝军队战斗力的提高。
征兵制也是南朝采用的一种集兵方式。征兵，即朝廷强行征发民丁为兵。
南朝各代遇有重大战事时，都经常征发民丁为兵，以弥补兵力的不足。刘宋元嘉末年北伐，即曾发南兖州三五民丁，并命令符到十日装束，缘江五郡集广陵，缘淮三郡集盱盱。所谓三五民丁，即户有三丁者，出一人为兵；户有五丁者，出二人为兵。所征民兵丁接到命令后，要按时到指定地点集合，如果违期不至，则要受到严惩。齐武帝时，北魏扬言南进，朝廷遂发扬、徐民丁，预作准备。萧梁时，也曾征发民丁为兵。
南朝的征兵制，似不是朝廷常制，一般是在有重大战事时为补充兵力，以临战应急之用，战事结束后，被征民丁便解甲归田。征兵制下的兵士多来自平民百姓，由于缺乏军事训练，军纪和战斗力都很差，他们在军队中不占主要地位，因而征兵制不是南朝主要的集兵方式。
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