正当源赖朝返回坂东，整顿后方之时，另一名源氏族人、信浓的源义仲横空出世，成为一股不可小觑的军事力量。这个源义仲本是源为义的次子源义贤的次子，算起来和源赖朝、义经兄弟是堂兄弟关系，不过这两家亲戚其实是有仇的。源义贤早年因官居东宫的带刀武官长而被称为“带刀先生”，后来他和哥哥源义朝的长子源义平——源赖朝的庶长兄——相争落败，被自己这个堂侄所杀。当时源义平本欲将义贤的长子仲家和次子义仲一并杀死，以图斩草除根，但幸得越前国武士斋藤实盛的请求，才留下他们的性命，于是仲家被送往京都成了源赖政的养子，而义仲则被送到信浓国木曾之地，交给中原兼远看护。
因为养在木曾，所以源义仲也被称为木曾义仲。
且说中原兼远对源义仲的疼爱之情超过了自己的亲生儿子，甚至还要求儿子们把义仲当作自己的主君来看待。就这样，义仲在养父及义兄弟们的疼爱下渐渐长大，并且习得一身好武艺，据说就是比起当年威震日本的先祖源义家也是不遑多让的。在接到叔父源行家带来的以仁亲王令旨之后，义仲自然便带同中原一族及信浓的地方武士起兵了。
面对源义仲的起兵，平家再次估计不足，只是任命了城助长、城助茂兄弟为越后守，委派他们由北向南，全权负责征讨作战。然而就在这个任命发布后不久，四国、九州各股反平家势力起兵的消息接踵而至，平清盛此时已经年过六十，听到这些消息之后悲愤交加，一病不起，于养和元年（1181年）闰二月病死了。据说清盛临死的时候身上散发奇热，凉水洒在身上都会立即沸腾，在京中遍寻名医亦不能治，于是有人便说，这是多年来恶行累累所遭的天罚啊……
平清盛死后，因其长子“小松公”平重盛已先他亡故，次子基盛早夭，地位遂由第三子宗盛继承。这位平宗盛是一个几乎没有任何政治斗争及军事作战才能的贵族公子，由他继任平氏一门大家长的那一刻，也就离平氏灭亡之时不远了。
再说源义仲这边，接到任命书的城氏兄弟倒是不辱使命，当即带领越后、出羽两国武士杀入信浓，可不想长兄城助长突发恶疾，猝死阵中，于是弟弟城助茂改名为城长茂，接替兄长为主将，继续进军。义仲挥军来迎，双方在横田河原进行了一场恶战，城长茂大败，义仲趁势追击，反倒一举扫平了越后国。
此时的平家方才意识到那个木曾出身的源义仲并非癣疥之祸，于是再次任命前度在富士川被源赖朝打败过的平维盛担任总大将，领军杀向越后。这次的平家军先在越前国的火打城取得了一次小胜利，随即就在越中国的般若野被义仲的义兄弟今井兼平击败。平家军暂时后退，并在能登国的志雄山及加贺国的砺波山分布两阵，据称人数分别是三万与十万。义仲为了对抗这股大军，先是仔细观察了地形，然后派出叔父源行家、家臣楯亲忠的一路人马前往志雄山，牵制那里的平家军马，自己则带领主力部队杀向砺波山。
据说此战中源义仲效仿了田单的火牛阵，特命义兄樋口兼光率领一路人马及数百头牛偷偷潜行到平家军的背后，当晚义仲对平家军发起夜袭，而兼光则将数百头牛的头上绑刀、尾上点火，然后驱赶向敌人。正在睡梦中的平家军被突然惊醒，发现前有敌兵，后有火牛，慌乱之下四散奔逃，而当夜又因为大雾使得能见度甚低，平家大军有半数以上在根本摸不清前面是路还是悬崖的情况下坠下了俱利伽罗峡谷，总大将平维盛再次仅率数骑狼狈逃回了京都。
源义仲马不停蹄，亲率大军南下，很快就在加贺国的筱原追上了平家的败军。此时平家方面担任殿后工作的正是当年义仲的救命恩人斋藤实盛，实盛眼见自己曾经救下的稚童已经成长为统帅三军的猛将，甚感欣慰，但是自“平治之乱”以来，实盛一家深受平氏恩惠，为了报答平家的大恩，也为了武士之义，实盛决心在这里用自己的生命为平家军赢得撤退的宝贵时间。在友军纷纷争相逃命的时候，斋藤实盛独自一人杀向了义仲的军队，最后被义仲的家臣手冢光盛斩杀。当实盛的首级被送到义仲面前时，义仲顾不得自己的身份而放声大哭……
平家动辄派出数万大军远征，既是其强大实力的体现，却也是限于历史背景的错误之举。且说当时日本武士虽然被公卿们所看不起，终究也勉强可算是统治阶级的一员，他们的数量其实并不算多——武士和士兵不可一概而论。
日本国中多山地丘陵，很少大平原，畜牧业也不够发达，骑兵的数量是很少的，基本上只有上级武士才能骑马，穿着装饰性要大过实用性的华丽甲胄，背负长弓，手持短柄长刀上阵作战。这些上级武士的郎党，也就是和他们约为父子关系的中下级武士则身穿简陋的铠甲，有些甚至光头、光脚，手拿长柄的薙刀和弓箭在左右护卫（就连长枪的普遍使用也是数百年后之事）。武士之外，还有大量临时征发来的农民兵，兵器就更加简陋了。这样的军队在作战中，往往要靠骑马武士个人的奋勇冲阵来震慑敌胆，战法相对简单，战术非常简陋。“源平合战”之时，在日本军事史上是一大转型期，这一时期打破旧战法的两大名将，一个是本文的主人公源义经，另外一个就是木曾出来的源义仲了。
此时的战斗，两军分出胜负，往往杀伤的数量并不算多，大多数兵卒都是跑散了。然而士气已堕，跑散的兵卒无法短期内重新聚集起来，跑散的大小武士团更是想着是否该改换门庭了。在这种情况下，平维盛两次惨败给平家势力造成了沉重的打击，使得他们短期内再也无法召集起足够兵力，以对抗正汹涌杀来的源义仲。
平家的新领袖平宗盛终于意识到再也无法在京中安然度日了，在和族人们磋商以后，他决定暂避敌锋，于是便带领着一族子弟，胁迫着法皇、幼帝和公卿大臣们向西面播磨国的福原逃去。而老奸巨滑的后白河法皇眼见平家大势已去，便在西行的途中秘密潜回京都，并向源义仲宣旨，要求他尽快进京勤王。
寿永二年（1183年）七月，源义仲的大军浩浩荡荡开进京城。后白河法皇为了表彰义仲的功绩，特封其为从五位下左马头兼越后守，并亲自赐义仲封号为“旭将军”（也写作“朝日将军”），意思就是如同旭日一般光辉的大将军。同月，又罢免了平氏一门六十余人的官职，将其定为朝敌，诏令天下予以追讨。如此一来，源、平两家的顺逆之势立时颠倒。
如果平家就此灭亡，天下就此安定，那么源义经可能会度过平淡无奇的一生，然而义经却注定不是一个平凡之人，上天早已为他安排下了因剑而生，也要因剑而亡的命运。
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