经过一连串的冒险之后，小修他们即将到达第3个举办华丽大赛的地点——花蕊镇。他们在中途稍做休息。
经过长途跋涉小修一行人与他们的神奇宝贝也都十分劳累了，他们将神奇宝贝们全都放出宝贝球，也好让它们能够舒舒胫骨。其他的神奇宝贝都躺下来准备好好睡上一觉，惟独小光的伊布没有丝毫的疲惫，还在那里活泼的跑来跑去，跑到小光身边蹭蹭她的脚，又故意弄醒了正在树上打着瞌睡的椋鸟。
伊布跑进了草丛去别的地方玩了，“依依，别跑太远了！”小光叫道。真叫人拿这可爱的小家伙没办法。
伊布跑出去一会儿后就慌慌张张的跑了回来，它咬住小修的裤腿，往一个地方拉。
“真是的，好拉，够拉依依，不要再恶作剧拉。”小光走来要抱起它。
“等等！”小修叫住了小光，“它好像有什么话要说。”
伊布松开了嘴，对小修他们叫了几声后，跑向刚才的草丛里。
“它好像要我们跟着去，我们去看看吧！”
他们跟着伊布来到了一处看起来像遗迹的地方。遗迹的入口耸立着空间之神帕路基亚与时间之神迪亚路加威严的雕像。
“这是……空间之神与时间之神……”
路比打开了精灵导航仪，从导航仪上找到了这个地方，“这是帕路基亚与迪亚路加的遗迹之一，听说是古人参拜它们两个的场所。”
“这就是两个神的遗迹啊……”小光看着遗迹感叹道。
伊布又趁他们不注意的时候跑进了这个遗迹里，三人没办法，只好追了上去。他们却不知道，邪恶组织银河团早就进入里面了。
银河团三干事之一的撒旦带着两名手下来到一个石室里，石室的墙壁上全部画着未知图腾。撒旦拿出了一张石板，把石板飞到了对面的墙上，嵌入了上面的长型孔。墙壁开始发光，中心凹陷下去，从里面出现一个正方形的匣子。撒旦拿过匣子，墙壁上原本是壁画的未知图腾全都活了。
“未知图腾，你们守护的这个东西要到我们的手上才能发挥它的作用！”撒旦把匣子收起来，拿出宝贝球。一只伊布突然出现在她的身后。
“依依，等等！”小光他们追赶伊布跑过来，小修一眼就认出了那三人，“银河团！？”
撒旦转过身来，打量了一下小修与小光，“10岁左右的男孩子与女孩子，男孩戴红色的帽子，女孩戴白色的帽子……原来是跟朱庇特和玛姿交手过的两个小孩啊。不过我可没时间陪你们玩过家家的游戏。”
未知图腾一起上来想要抢回被撒旦拿过的匣子，撒旦丢出宝贝球，“镜面偶，怪异光线！”从镜面偶身上散出紫色的光线袭击了全部的未知图腾。
“那么，剩下的就让你们慢慢玩吧，我不奉陪了。瞬间移动！”撒旦说完镜面偶就用瞬间移动将三人全部传出了这个遗迹。
“但愿你们不要把性命玩丢了。”撒旦看着遗迹嘲笑道。
在石室里的所有的未知图腾和小光的伊布都陷入了混乱状态。未知图腾全都恶狠狠的看着三人。
“等一下！我们不是你们的敌人，请你们冷静点！”小修对未知图腾叫道。但是它们被混乱了，对小修说的话完全听不进去。数十只未知图腾一起放出了觉醒力量一齐向小修他们攻击，觉醒力量每经过一段地面，地面都会有许些破碎，单单只是经过就可以让地面破碎了，就知道这力量有多么惊人了。
“危险！我们快走！”小修朝路比和小光叫道。小光的伊布还在那里，它混乱了不知道现在要逃跑。未知图腾们朝它放出了觉醒力量。
“依依，危险！”小光跳过去抱住伊布，路比马上从身后拿出宝贝球。
觉醒力量爆炸了，小光与伊布毫发无伤，利欧路与巨沼怪使用了守护保护住了小光与伊布。“小光，没事吧！”小修跑过去蹲下关心的问道。
“恩，没事。好了依依回来吧。”小光把怀中的伊布收回了宝贝球，她要站起来时从脚踝上传来一阵疼痛。
小光蹲下来按着脚踝，看样子刚才救伊布的时候扭伤了脚。“小修你们先走吧，不要管……。”
“你在说什么傻话！”小修打断了小光的话，“要走我们一起走，既然走不了那就一战！”
“没错，我们可不会丢下同伴的！”路比接着说道。
“你们……”
“利欧路，暗影爪！”利欧路用暗影爪扫过一排未知图腾，被暗影爪攻击到的未知图腾全部从空中摔落下来失去战斗能力。
“ZUZU，泥浆喷射！”巨沼怪喷出了一个个泥做的圆弹从左往右进行扫射，扫过之处未知图腾都分分掉落。
剩下的未知图腾聚在了一起，集体放出了最大力量的觉醒力量。
“ZUZU，急冻光线！”
“利欧路，觉醒力量！”
小修与路比都让自己的神奇宝贝发出绝招与未知图腾的招数相对抗，但是明显力量有些不足了。
“企企，泡沫光线！”一束泡沫光线打出，帮助小修与路比。小光对他们笑了笑。
尽管小光也派出了双冠企鹅战斗，但是力量最多还只是一个平手。两股力量终于发生了爆炸，爆炸让小光脚下的地面发生了坍塌，小光将要掉下去时，小修抓住了她。
“小修！”小光抬头看着他。
“别松手哦！我会救你上来的！”小修用力向后拉着。
但是未知图腾却漂浮到他们面前，身边觉醒力量的小球开始旋转。
“（糟糕了！现在我的手又松不开，如果吃了这下的话……）”
小光看到未知图腾正准备对这里发动攻击，对小修叫道，“小修，快放手！要不然你也会掉下来的！”小修还是没肯放手。
未知图腾的觉醒力量打碎了小修身下的地面，他与小光一起坠落了下去。突然他们被一个力量抓住浮在了空中。
“很好RURU，就这样用念力把他们拉上来！”路比拿出了他们从没见他用过的神奇宝贝，沙奈朵。
“NANA，MIMI，COCO，ZUZU！掩护RURU去对付未知图腾！”路比拿出了全部的神奇宝贝，幽雅猫，大狼犬，美纳斯。
小修也可以空出手拿出神奇宝贝球了，“拜托了！椋鸟！”
椋鸟从宝贝球里飞出来，抓住两人的肩膀用力向上飞。两人终于安全上来了，未知图腾也被路比他们解决了。未知图腾在昏迷了一会儿就醒来了，混乱已经完全解除了。小修跟未知图腾解释清楚后，未知图腾带他们走出了遗迹。
走出遗迹后未知图腾们也都离开了遗迹，它们要守护的东西没了，在这里再待下去已经毫无意义了。银河团作恶多端的邪恶组织，总有一天要将你们粉碎！
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