果然没有令皇上失望，李煦、曹寅的密折很快就来了。二人详细报告了榜发后物议沸腾、民愤难平的情况。曹寅更是密奏说:“今年文场秀才等甚是不平，中者甚是不公，显然有舞弊行为，因此扬州秀才扰攘成群，将左必蕃祠堂全部拆去。后传闻是副主考赵晋所为，始暂停息。”
皇上这才拍案而起，怒气冲冲地道:“想朕勤政爱民五十年，还从来没有见过如此胆大妄为的奸臣贼子。若任他们这样狂妄下去，岂不是要毁掉朕大清江山。”于是派户部尚书张鹏翩为钦差大臣，会同两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋在扬州审案，务必将科场案彻底查清。
张鹏翻，字运青，四川遂宁人，康熙九年进士。传说其容貌俊美，“貌如好女子，诸同年皆戏弄之”。不过，张鹏翻自步人仕途后，一直有公直廉明的名声，“不避权贵，人皆惮之”，是康熙一朝的名臣。
他曾经出任江南学政，到任后，不少富家子弟手持京师权贵人物亲写的“荐函”，打算来走后门，但听说张鹏翩刚正无私，最终还是不投而去。当时的规定，凡呈学使报册都须交些“部科费”(手续费)，但张鹏翩“两袖清风，毫无以应，人亦绝口不索”。后来回京师任职，张鹏翩为了应付说情请托之人，特意在府邸的厅堂上竖了一尊关圣帝君塑像。每逢有人登门请托时，他便指着塑像“关帝君在上，岂敢营私拘隐!”这样清操的大臣，当然表面上是深得皇上的信任，誉“天下廉吏”。
对于两江总督噶礼，张鹏翻其实一点也不陌生。他之前曾受命调查噶礼举报苏州知府陈鹏年所作(重游虎丘诗)是反诗一事，当时噶礼极尽威胁利诱之能事，但张鹏翻没有理睬，照旧“按奸发状，振摘是非，无所容回”，最终的结论还是“直鹏年而曲噶礼”，证实噶礼完全是诬告。
张鹏翻与张伯行也是老相识了。他任河道总督时，丁优在家的张伯行因自发组织民众抗洪堵堤，得到张鹏翩的倾心赏识，向皇上力荐，称其“堪理河务”。正是由于张鹏翻的大力举荐，张伯行才进人了皇上的视野。
正因为张鹏翩刚正廉洁，不畏权贵，所以凡有重大的案件，皇上总是派他去处理。对于这桩朝野瞩目的江南乡试案，张鹏翩更是众望所归，被认为定然能够秉公办理。在这样的状况下，时人均认为局面对张伯行有利，而对噶礼不利，岂料事情完全出乎众人的意料。
上谕下达的当天，张鹏翻便动身赶赴江南，一路马不停蹄。第一次会审，在扬州行辕举行，由钦差张鹏翩主审，两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋陪审。一切都相当顺利，没有费任何周折，副主考官赵晋便当堂供认受贿黄金三百两，同考官王日俞、方名也供认拘私舞弊，将事先约好的关节“其实有”三个字卖给了程光奎、徐宗轩、吴泌等人，并将有关节之人均取中举人。钦差张鹏翻当即决定革去赵晋、王日俞、方名一切功名，收监看管，等待皇上的处置。
下面是提审行贿人程光奎、吴泌。二人被带进大堂后，钦差张鹏翻听说这两名举人是有名的文理不通，于是先简单考了下二人的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不下来，程光奎写《百家姓》中，“赵、钱、孙、.李”四个字中就错了三个，唯一写对的“钱”字也是七扭八歪，不成样子。
张鹏翩愤慨至极，一拍桌子，怒问道:“你们到底行贿多少买来这举人功名?快从实招来。”程光奎哪里见过这等阵势，吓得立即招供说:“小人出了黄金十五锭，每锭二十两，一共三百两。”吴泌马上也跟着承认自己行贿了三百两黄金。
这样一来，问题就出来了—程光奎和吴泌各出三百两黄金，一共是六百两，可副主考官赵晋供认只收到三百两黄金，另外的三百两到哪里去了呢?追问之下，吴泌供出他的三百两黄金是托前任安徽巡抚叶九思的家人李奇代转的，这三百两到底给了谁，只有李奇知道。
李奇当即被拘到了堂上，一见到现场钦差高坐，督抚各坐一边，差役环伺，顿时吓得战战兢兢，一经喝问，便立即交代另外三百两黄金贿款交给了径县知县陈天立，由他代转给两江总督噶礼。此言一出，全场愕然。
噶礼首先跳了出来，下令将李奇拖下去乱棍打死。张伯行立即出面制止，坚持继续审讯李奇，将事情弄个水落石出。噶礼暴跳如雷，一定要对证人用刑，并极力阻挠再审下去。堂上气氛顿时紧张起来，眼见督抚之间剑拔弩张，一个要打，一个不准打，差役们也不知所措。最后还是钦差张鹏翩站出来宣布暂且将李奇收监，押后再审，然后下令退堂，一场闹剧才就此结束。
一审结束，通同作弊的大后台两江总督噶礼已经浮出水面。钦差张鹏翩应该立即将实情上奏皇上，但一向刚正的他却在此时犹豫了起来。他有两个儿子，当时其长子张愚诚任安徽怀宁知县，刚好归两江总督管辖。噶礼一度派人威胁张鹏翩，扬言要对张愚诚下毒手。
张鹏翩爱子心切，心有顾虑下，又考虑到清朝历来扬满抑汉，在汉大臣与满大臣的相争中，从来就是以汉大臣惨败而告终，更何况噶礼还与皇上有着特殊的关系，最终决定偏袒噶礼一方。
他不但不据实上报，还微服私访张伯行，劝说道:“噶礼是封疆大吏，又是皇上信赖的大臣，事情万一闹大，皇上的面子过不去，我们都不好交代。这件事，还是就这么算了吧。”
张伯行却义正词严地回答道:“钦差一向有清正廉洁、执法如山的名誉，切不能因为个人恩怨袒护权臣。如此一来，天下将无正义可伸，上负天子爱才之心，下屈壮士报国之志。我不能赞成息事宁人的态度。”
张鹏翻虽然心有惭愧之意，但为了自己的利益，还是抹下面子，竭力劝说张伯行让步，就此结案停审了事。孰料张伯行也是个牛脾气，坚决不肯屈服。二人就此不欢而散。
几天后，两道加急奏折先辰送到皇上案前:第一道是江苏巡抚张伯行弹劫两江总督噶礼的。说外间舆论盛传总督噶礼与监临、提调各官暗中受贿而豁卖举人头衔。又传说事情败露后，总督噶礼勒索银五十万两。对噶礼的种种不法行为，张伯行痛心疾首:“督臣忍负皇上隆恩，擅作威福，卖官卖法，复卖举人，贪残暴横，恶贯满盈，只缘权势赫奕，莫敢樱其锋以贾祸。仰祈软令解任，一并发审，傅舞弊之人，失所凭借，承审之官，亦无瞻顾，庶几真情得出，国法得伸。”请求皇上立即将噶礼解任审查
第二道则是噶礼弹幼张伯行的。声称张伯行阴谋诬陷，有意败坏总督名声。又因为当时刚刚发生了戴名世《南山集》的文字狱，举报《南山集》在苏州(江苏巡抚驻在苏州)刊刻，张伯行知情不报，且与为《南山集》作序的方苞交好，甚至有意包庇。又罗织了其他多项罪名，指责张伯行玩忽职守。
皇上看到奏疏后大怒，认为督抚互参有失大臣体统，下令将噶礼和张伯行二人一并免职，责令钦差大臣张鹏翻会同潜运总督赫寿再审。清朝消督衙门在淮安(黄河、运河交会之处，潜运咽喉之地，今江苏淮安)，赫寿接旨后不敢怠慢，立即从淮安起程，坐船经大运河赶往扬州。
总督和巡抚均是地方最高长官，即所谓的封疆大吏，督抚互相攻汗弹幼是朝廷大事，而江南更是朝廷的财赋重地。督抚互参一经传出，一时间成为轰动天下的大奇闻。这场科场案的审理，实际上已经变成了贪官和廉吏之间的较量。朝臣也各有立场，本来简单的科场案立即牵扯上了朋党之争和满汉之争，局势开始复杂化。
《清稗类钞》还记载了富有戏剧性的一幕，噶礼和张伯行奉旨革职、于行辕对薄完毕后，二人出门时因相争不下，继而大打出手。噶礼身材雄壮，张伯行也是高大魁梧，噶礼最终被张伯行踢了一脚，“踏于地而滚”。
远在京师的皇上无时无刻不在关心江南的发展，密令曹寅和李熙多方打探。几天后，江宁织造曹寅的密折送到，其中说:“臣留心打听张鹏翩与赫寿所审吴泌、程光奎之事。吴泌买举，只追问李奇夫妻金子下落，意在就李奇撞木钟，以结吴泌之事。程光奎只认夹带，以结程光奎之事。至于左必蕃、赵晋二人及房考等，俱未细问。
众论以为张鹏翻外则调停总督抚院了结此案，而本意则不欲重伤主考、房考，以塞科甲侥幸之路。赫寿亦因循可否，以观成败。总督噶礼实无包揽卖举之事，护庇叶九思(前任安徽巡抚)事或有之。解任之后，虽有人众保留，皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。巡抚张伯行实因粮道参处，自己亦洼误调用，当封印之际，预闻京信，两下纷争，以有此疏，欲复噶礼之仇，亦非为科场持公起见也。
解任之后，亦有人众保留，率多秀才，亦皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。众人议论，皆云江南百姓蒙天恩视如赤子，屡免钱粮，时加抚恤，督抚二臣不体贴圣衷，安静保护，徒博虚名，各为己私，互起朋党，殊无大臣之体。张鹏翩身为大臣，理宜秉公持正，力决是非，而反周旋主考、房考，曲全两造，迁延时日，不能无私。
自去年至今，已经四月，每日吊开单审，并不对口，并不再问程光奎之事，只审吴泌一案，并不问主考、房考如何字眼关节，只问原出首撞岁钟之人。目下闻光棍李奇当审鞠之际，颇多放肆之语，谓众人合谋，将金子诬陷于彼，以脱安抚藩司，蔓延无辜，总无断决。两江官吏，俱集扬州听审，地方辽阔，数月之久，未必不误事宜。”
大致的意思是说:张鹏翩没有用心审案，只关注考生个人代笔、夹带之事，而不愿意触及主考官与江南官员收贿舞弊内幕;噶礼在乡试案中是清白的;张伯行是挟怨报复噶礼，并非为科场公平起见;督抚互参，不过是以此结党营私，各博虚名而已。
曹寅先祖本为汉人，但自其祖父起，身份摇身变为清朝贵族的包衣，隶属于正白旗。基本上，他的奏折能代表当时满人的态度。
皇上看到密折后，与王公大臣谈论说:“噶礼有办事之才，用心缉拿贼盗，然其操守则不可保。张伯行为人老成，操守廉洁，然盗劫伊衙门附近人家尚不能查拿。”又说:“据张伯行参疏云，噶礼得银五十万两，未必全实，亦未必全虚。即噶礼所参张伯行之事，亦必有两、三款是实。”实际上是将噶礼、张伯行各打了五十大板，噶礼的乡试贪污案也被有意说成了互参案，这就为江南乡试案的最后结果定下了基调。
扬州这边，钦差大臣张鹏翻与潜运总督赫寿听到皇上的口风后，断定圣上认为噶礼是能臣，即使操守有亏，也是真小人；而张伯行则是庸臣，表面虽然清正，却是个伪君子。最关键的是，前面那位是满人，后面那位是汉人。
再次开审时，审讯官已经与第一次大不相同:多了一位钦差赫寿，却少了三位督抚—噶礼、张伯行已经被免职，安徽巡抚梁世勋则每日在公馆静坐养病，也不再参与同审。赫寿刚刚由侍郎升为槽运总督.一切依旧以张鹏翻为主导。表面上，这二审倒也轰轰烈烈，当审问同考官句容知县王曰俞时，还动了大刑。不过正如曹寅所说，张鹏翻最终的目的还是想两面调停、草率完结而已。
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