乌云遮天蔽日，雷声隆隆作响，这是一个完全见不到阳光的世界。
放眼望去，是一片望不到头的圈养场。在这里，数以亿万计的人类身体被圈养在由仿生物粘膜和营养液构成的一个个巨大的“蛋”内。
在圈养机械塔的下方，是滚滚的营养液池。被Matrix判定为精神死亡的人类身体将从“蛋”中脱离出来，通过特殊的管道被排放到营养液池中，慢慢腐化溶解，成为新的营养基融入营养液内，再通过管道输入给新生儿，使他们成长，给机器提供生物能源。
这就是Matrix构建出的一个不可思议的循环体系。在地球所有潜藏能源被开采一空，而唯一的能量来源——阳光，又被人类制造的乌云所阻挡之后，机器看似已经走入了绝境。
可是人类没有料到的是，这个原本被认为能够打败机器的“乌云计划”，却迫使得机器孤注一掷，将寻找能量源的眼光放在了人类的身体上。
最终，机器构建出了这个近乎完美的能量循环体。人类战败了，成为了机器的“电池”。（为什么机器不拿动物作电池呢？比如牛啊猪啊这些？因为机器需要人类的智慧和创造力，这样才能促使其自身不断进化发展。人类的思维被控制在了Matrix构建的精神世界内，他们的一切创造，都成为了机器庞大的数据资料的一部分。）
尼奥从“蛋”中爬了出来。眼中的一切是那样的陌生却仿佛又有些熟悉！是的，他曾在自己的梦境中，看到过相同的情景。他恐惧万分，“NO！！——”不由得惊呼出声。
由于他吞下的红色胶囊阻断了他的身体信息，Matrix判断他已经死亡，很快通过管道将他排入了营养液池。
灯光中，巨大的机械臂缓缓降落，准确地抓住了营养液池内的尼奥，将他带到了“尼布甲尼撒号”。
朦朦胧胧中，他看到了莫菲斯有些熟悉又有些陌生的脸，努力压抑住自己激动的心情，对他说了一个词：“Welcome！（欢迎）”，接着，他就昏迷了过去，昏了又醒，醒了又昏。
从来没有使用过的身体，实在太脆弱了。
“我死了吗？”他问。
“恰恰相反。”莫菲斯冷静的看着他。
身上的电刺激金属针一根一根拔除了，标志着他的身体一点点的恢复。
当他再次醒来，努力拔掉了插在身上的输液管，他再次见到了莫菲斯。并从其口中得知，现在已经差不多该是23世纪了，远不是他在Matrix中生活的21世纪景象。
尼奥对身边的一切都感到疑惑，包括自己的身体，身体上仿佛天生长出来一样的金属孔，脑后的圆形插口，自己先前看到的诡异画面，破旧的飞船，莫菲斯似是而非的相貌（远没有在Matrix中一身黑大衣、戴墨镜那样潇洒冷酷，相反有些虚肿，衣服残破）……
这一切的一切，都是那样的令人难以置信。
莫菲斯知道光凭语言并没有办法向他解释清楚，于是将他带到了控制舱，准备用软件模拟出实景，让他眼见为实，亲身体会。
陆仁第一个发现了他们的到来，向他们点了点头。
莫菲斯将众人一一介绍给尼奥。
在暴风小队诸人的眼里，此刻的尼奥是那样的弱不禁风。但是他们都知道，只要进入了Matrix之后，他就会逐渐变得神勇无匹。
没办法，“救世主”实际上是建筑师和先知为了寻求Matrix系统的平衡稳定而共同创造出来的超级程序，他与尼奥平凡的身体直接融合在一起，就相当于整个Matrix系统的作弊器，到了影片后面，他就拥有了识别系统代码的能力，可以在一定程度上直接修改代码，从而导致了史密斯的死亡以及整套系统出错。
在陆仁的理解，尼奥，实际上就是一个在网络游戏公司有后台的特殊玩家，可以任意修改游戏数据，所以比别人都要强悍百倍。
而莫菲斯、崔尼蒂等人则是属于没有后台的外挂制作者，虽然也能修改游戏数据，但是范围很有限，顶多就是开了加速挂和强力弹跳外挂，显然拼不过尼奥以及特工史密斯这种直接由游戏开发者做后台的大牛。
将尼奥绑上精神连接椅，莫菲斯在虚拟场景中对尼奥进行了一番全方位的再教育，努力使他相信，虚拟世界可以做到真实的模拟，甚至可以超越真实。而他从前在Matrix中接触到的东西，都指不过是Matrix和他的大脑之间的信号交换：他的形象，他身上的衣服，他面前的电视机、真皮沙发，他吃到的美味食物，他看到的红衣女郎……这一切的一切都是虚拟的。
可是，人的大脑，在接受这样的讯息之后，却会相信他们的真实存在。“真”，只是大脑下意识的判断。但是这种下意识，通常却无法自发阻止。
这也是他们需要通过训练克服的东西。
莫菲斯在虚拟环境中将尼奥从20世纪末拉到了23世纪电闪雷鸣不见阳光的黑暗世界中，并告诉他这才是真实世界的样子。
他向尼奥解释了机器和人类之间的战争，以及战争的结果，带着他观看了为机器提供能量的“人体电池”循环工厂并解释了原理。
尼奥被这些突如其来的打击惊呆了，几乎要发狂，居然主动脱离了虚拟实境系统，倒在了地上。
……
莫菲斯、崔尼蒂赶紧将其抬到治疗室进行治疗去了。
塞弗嗤笑道：“他是救世主？傻瓜才相信这种鬼话。”说着还向暴风小队诸人眨眨眼睛。
灰血假惺惺的应和道：“他要是救世主，你就是创世神了！哈哈。”
坦克有点不满的道：“任何人刚开始都会出现这样的反应的。他需要一个适应的过程。”
塞弗不以为意的撇撇嘴，向诸人挥挥手，到别处去了。
真哲道：“我突然想到一个大麻烦。”
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