随着梦想工业的快速发展，广告公司和影视公司都有大量的现金流入。其实特技公司也不少，只不过相对比较起来就差了点。而梦想科技则象一个无底黑洞一样，消耗着公司的资金。
由于公司重组后，成为股份公司，有明显非常严格的财务制度，所以公司不可以把所有资金都这样投入到这样的吸金黑洞当中，所以能投入的部分只能是王石的分红部分，当然由于王石分配的股份都是自己的管理层，王石的话还是相当管用的，王石的分红走公司内部渠道进入梦想科技。
出于保密考虑，对于梦想科技的实验室的大部分员工都是不清楚公司在做什么研究，只清楚自己当前的课题，就算是生物部部长李辉杰也只知道这些一些大体情况，不清楚这些课题的最终目的。当然若是有心把这些东西与微电子部门的课题联系起来的话，那才有可能把这个复原出来，但相对来说，概率也不是很高。
现在生物实验室正在测试这些由梦想设计出来的基因序列是否可行，能否表达出来，生成设计中的蛋白质。很显然，这一步是相当关键的，当这一步跨出去后，这个分子机器的制作就成功一大步了。
而同时，微电子实验室也在进行相关部件研发，对探针的阵列化已经完成，因为这个比较简单，大家知道有部分纳米材料是生长出来的，就象探针使用的碳纳米管，一般就是这样制备的，也相对比较容易大规模制作。但是用作动能传置的电磁波发生装置和对电磁波进行调制的装置却碰到了难以逾越的障碍。那就是如何精确控制每一个波形，以让那个对应的分子部件共振起来，这是个重要的难关。
在公司重组后，梦想工业园区也算落成了。主要由原先开始的办公大和新建的三幢新建筑组成，其中牛牛广告公司仍然使用老的办公大，而幻境影视公司和超现实特技公司占据了西首两幢大，而梦想科技则在老办公大背后。其中以幻境影视的规模最大。而梦想科技则大部分在地下，地面部分才三层，而地下部分达到了五层。所以重要的部门均在地下三层以内。
整个部门的保卫工作相当严密。由于公司的崛起，也引起了不少窥视。（妄想迫害症？？）所以就在公司一开始组建的时候，王石就相当注意这个安全问题，因为王石觉得以手上这些技术的发展潜力，必然会引来一些不必要的麻烦。
这段时间，王石倒也不再宅在家里，而是每天吃住在实验室，家里的机房被封锁起来了。当然那个培训班也只有小猫两三只。王石倒是给培训班配了一个计算机老师。
随着实验的进行，一个个基因序列被证明不能实现，或者偶尔成功一个两个的记录。时间飞快的过去。其实梦想设计的部件已经考虑了很多方面，但她毕竟是考虑的方面是有限的。这也导致了在《虚拟微观世界》模拟成功的一系列基因串，在现实中却很难实现，主要有基因不转录，转录序列没有按设计分段，就算转录成功，但大部分没有按照设计进行正确折叠。就象电脑中的文件操作现象一样，比如说文件没有被复制，比如说文件被复制了从开始50字节后开始的部分。又比如说如果这个文件是程序源代码，但编译环境配置不正确，从而没有被正确编译。
而梦想在这个过程中扮演了重要的角色，虽然对于每个部件来讲，梦想通过模拟计算，提出了N多的方案，但是还是出现了相当多所有方案都不被实现的情况，在这种情况下，就需要或者提出新的方案，也就是新的基因序列。或者修改部件，再做N多的方案。就象撤网捕鱼一样，广种薄收。若是没有梦想的话，这个情况可想而知。
而与此同时，微电子部门也在进行艰苦的攻关。对于如何控制一个精确的波形，由电路来产生这个思路已经被证明为不可能了，这个主要是由于对于这个层面来讲，已经要考虑量子效应的影响了。所以实际上精确控制已经被证明为不可能了。那怎么办呢？王石想了一个办法，那就是将已经实现的部件，按照以后装配的形式固定起来，然后设计一个通用电磁波发生装置，频率在部件理论共振区域周围由低到高逐渐提高，同时观察这个部件的运动情况。将这个频率的一个脉冲进行记录，然后需要控制时，通过放大功率后，发出这个脉冲，让部件接受这个脉冲电场的作用，作出对应的运动。
经过这一步，从理论上来讲，关于微电子方面的配合已经算是基本上完成了。现在就等这些蛋白质做成的部件出来，进行最后的组装了。这需要时间。
五个月后。分子机器完成了，尽管梦想已经对这个模型进行了计算机模拟，但是实测结果还是让王石大吃一惊。
先，机器的生存周期大大高于预期，根据梦想计算，分子机器的平均生存周期之了300秒。但是实际装配的分子机器已经平均寿命已经达到了4000多秒了。而且按照王石估计，降低环境温度的话，平均生成时间还将大大延长。所以，可以很确定的事，就是当环境温度低到一定以下，分子机器的寿命将不成为问题。很显然的事实是，由于分子热运动，分子机器在常温下会不断受到其他粒子撞击，从而导致分子机器的失效。当温度低到一定程度的时候，那么这种撞击将会大大减少，所以分子机器的生存周期就会得到保证。在这种情况下，很自然的，低温环境就是这分子机器的天然工作场所了。
梦想是这次制造的主角，她不仅通过显微镜操作完成了第一个分子机器的装配，而且在通过了测试了，控制分子机器也进入了装配程序。由于所有部件都已经被制造完成，所以这个装配工作是比较容易的。这里就有个问题，这个分子机器又没有眼睛，它怎么进行装配呀？这个其实也很简单，其实这个时候，那个X射线衍射仪就要大显身手了。X射线大家都知道。X射线是一电磁波，当然光也是一种电磁波。所以X射线有波的一些特性。其中包括衍射。
在这里，一个要利用X射线的穿透性，一个要用到它的衍射特性。打个简单的比方。大家都知道光的衍射实验是通过一束平行光射向两条有间距的平行条缝。然后在背面会形成明暗相间的干涉条纹。通过记录这些条纹信息和其他信息，就能计算出两个条缝的空间位置。这就是衍射仪的原理。只不过它是记录空间原子的位置罢了。
当然实际情况就复杂多了，而且普通衍射仪只能测量晶体之类的物质，不过通过梦想的努力，对算法进行了改进，形成了对液体和气体的支持。
现在梦想就在一边通过显微镜，一边通过已经完成的分子机器进行制造。可以想象，这个速度会越来越快。
分子机器可以做什么？王石回答不出来，但是按照规划设计，首先被制造的肯定是基因硬盘，王石将由基因排列组成的存储方式称作基因硬盘。
基因硬盘的设计是这样的，在一个工作面基板上，将一条基因笔直布置在基板上，基板的功能就象触摸屏。然后就是布置分子机器在这些基因上进行读写操作。梦想通过电磁波发出控制命令。分子机器读到的信息则通过工作面基板被梦想收集。这个工作环境就在液氮的环境中，那些需要的各种分子成分就悬浮在这样的液体环境中。
通过一定的算法，对数据进行校验储存，保证数据的安全性后。基因硬盘就这样制造出来了。
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