关于诸葛亮同司马懿在建兴九年祁山战役的情况，《晋书》同《三国志》汉晋春秋有不同的记载，尤其是在相持阶段战况，有很大差异。在总体战略态势上两书记载一致，都是司马懿解了祁山之围，并且挫败了诸葛亮夺取魏国粮食的企图，使诸葛亮最终因为粮食耗尽退兵。有差异之处是《汉晋春秋》称诸葛亮打败了郭淮、费耀，抢收了些粮食，《晋书》记载诸葛亮没能抢到粮食，《汉晋春秋》关于这次战斗的记载是矛盾的，费耀已经被司马懿命令留守上邽不可能同郭淮与诸葛亮交战，《晋书》中司马懿赶到上邽阻止诸葛亮抢粮成功，那里是粮食主产区。诸葛亮在祁山附近打败魏军抢到少量粮食是可能的，但是没有影响司马懿主力部队的粮食供应，也没改变蜀军缺粮。史书记载了司马懿的军队是依靠陇西粮食补给。至于两军交战的结果，司马懿是否同诸葛亮作战，两书的记载也不同，《汉晋春秋》说贾嗣、魏平被救出后，非要与诸葛亮交战，司马懿被迫出战失利，损兵三千和大量装备。这种可能性是很小的，两员被司马懿救出的小将竟然能忘恩负义地指责司马懿，地位也不相称，可信性不大，车骑将军张郃是坚决反对同诸葛亮交战的，司马懿不大可能出战。即使真的出战损失三千，也可能是派遣小部队试探性作战失利，司马懿强令派张郃追击，也是因为他总是要避战，以为他慎重，所以象征性让他追击。
司马懿平定曹爽乱政是挽救曹魏政权，信守托孤承诺，维护曹芳的皇位，不是单纯为了个人集团的权力。首先他放弃权力回家养病的时候，司马师、司马昭兄弟在朝中都是中级官员，司马氏集团还是弱小的。此时谈不上要建立司马氏专权，嘉平之变后司马师兄弟也没有掌权担任要职。实际上直到司马懿集团的主要成员开始受到曹爽的排挤打击的时候，司马懿依然是容让，就象他对孙礼说的，要“忍不可忍”。最初曹爽还只是专权，剥夺众多豪强贵族的政治地位，剥夺他们的祭祀荣誉。固执发动对蜀国的战争等，这些乱政司马懿都没有能阻止，表明曹爽已经不尊重司马懿了。曹爽要篡位也是明显的，他的衣食和仪式排场几乎和皇帝相同，皇宫御用尚方器物充斥其家，自行从宫中取曹睿的才人到自己府中，甚至到了伪造诏书，把皇宫的才人五十七人送到邺城，擅自取用太乐乐器，武库禁兵。后来还把郭太后迁居冷宫囚禁，派遣亲信监视小皇帝，这时唯一对他篡位构成威胁的就只有司马懿了，他一面派亲信去察看司马懿的动向，一面排挤打击司马懿的亲属、亲信，都是为了篡位做准备，郭太后、刘放、孙资等过去有权势的，都相继被他废黜了，司马懿因为早早就回家养病了，所以他受到打击是最晚。曹爽最后只有把司马懿集团也瓦解了，称帝篡位才能开始，孙礼、卢毓等相继被排挤，矛头甚至指向司马懿的亲戚杜恕，这是在正始九年底，后来卢毓审理曹爽党徒，了解到他们谋反篡位准备在三个月内行动，曹爽不是《三国演义》中那个软弱、窝囊的废物，他指挥军队伐蜀，专权打击孙礼，也是野心勃勃、专横跋扈的权贵。司马懿所以还有赦免他的念头，不是因为曹爽没有要篡位的阴谋证据，主要是不愿承担杀托孤大臣专权的名声，也了解曹爽的实际是志大才疏，看到曹爽建立的小集团与各主要派系都有矛盾，也没有百姓拥护他，不会有威胁，而且曹爽的篡位计划也没有能实际执行，他也还没有废帝自立，在嘉平之变的时候，曹爽也没有挑起内战，总算是和平解决了矛盾。司马懿也曾经发誓不追究曹爽，这样才表示要赦免他，给他送去粮食。可是从祭祀名单就可以看出，曹爽专权期间得罪的人太多，最终朝议依然处死了他。不要以为司马懿废黜曹爽只是他个人要夺权，只是司马氏和曹氏争权这么简单。参与废黜曹爽的有司马懿集团和大多数派系，郭太后、蒋济、高柔等都是各大派系的代表，朝议也是各派系共同参加，曹操担任丞相、魏公的权势比司马懿这时要大得多，依然要受到朝议的制约，他要恢复肉刑，但是朝议多数人反对，曹操也只能暂时放弃。司马懿更是不能不接受朝议，曹爽打击、压迫其他派系，最终被他们要求处死，《三国志》曹爽传中，详细记载了曹爽乱政，准备篡位，以及朝议将他处死的经过。这是统治阶级豪强集团的集体决定，不能让司马懿个人承担，看看曹爽得罪的那些权贵，他们都是有各自的政治势力，世族豪强背景，几乎是曹魏政权一大半的三公被曹爽得罪了。卢毓是正直、诚实的人，司马懿让他担任司隶校尉审理，不会冤枉曹爽，制造政治迫害，诬陷他谋反，曹爽所作所为判谋反灭族是证据确凿，他僭越、专权，准备篡位是明显的。《三国志》曹爽传：会公卿朝臣廷议，以为“春秋之义，‘君亲无将，将而必诛’。爽以支属，世蒙殊宠，亲受先帝握手遗诏，托以天下，而包藏祸心，蔑弃顾命，乃与晏、飏及当等谋图神器，范党同罪人，皆为大逆不道”。司马懿那时没有曹操当丞相时权势大，曹操尚且要受朝议制约，放弃恢复肉刑。《三国志》陈群传：时钟繇与群议同，王朗及议者多以为未可行。太祖深善繇、群言，以军事未罢，顾众议，故且寝。
晋明帝时，王导侍坐，晋明帝问起晋前世得天下的具体情形，王导不加隐饰地叙述了司马懿创业时的业绩和种种猜忍手段，又说起司马昭在高贵乡公时的所作所为，晋明帝大惭，把脸埋覆在床上说：“若如公言，晋祚复安得长远”(《晋书·宣帝纪》)！这是古代贬低司马氏虚假言论，在两晋时期有严格的避讳礼节，甚至不在儿子面前说他先人的名讳，裴松之在诸葛亮传中评论：“显彰宣帝之短，对子毁父，理所不容。”王导是君子，会劝导晋明帝效仿先人的仁义，他谈论司马懿父子的过错是不可能的，况且司马懿父子在曹爽、高贵乡公事件中没有罪过。
唐太宗李世民曾为《晋书·宣帝纪》作史论，指出了司马懿在性格、军事、政治等多方面的矛盾或曰不平衡。原文如下：夫天地之大，黎元为本。邦国之贵，元首为先。治乱无常，兴亡有运。是故五帝之上，居万乘以为忧；三王已来，处其忧而为乐。竞智力，争利害，大小相吞，强弱相袭。逮乎魏室，三方鼎峙，干戈不息，氛雾交飞。宣皇以天挺之姿，应期佐命，文以缵治，武以棱威。用人如在己，求贤若不及；情深阻而莫测，性宽绰而能容，和光同尘，与时舒卷，戢鳞潜翼，思属风云。饰忠于已诈之心，延安于将危之命。观其雄略内断，英猷外决，殄公孙于百日，擒孟达于盈旬，自以兵动若神，谋无再计矣。既而拥众西举，与诸葛相持。抑其甲兵，本无斗志，遗其巾帼，方发愤心。杖节当门，雄图顿屈，请战千里，诈欲示威。且秦蜀之人，勇懦非敌，夷险之路，劳逸不同，以此争功，其利可见。而返闭军固垒，莫敢争锋，生怯实而未前，死疑虚而犹遁，良将之道，失在斯乎！文帝之世，辅翼权重，许昌同萧何之委，崇华甚霍光之寄。当谓竭诚尽节，伊傅可齐。及明帝将终，栋梁是属，受遗二主，佐命三朝，既承忍死之托，曾无殉生之报。天子在外，内起甲兵，陵土未乾，遽相诛戮，贞臣之体，宁若此乎！尽善之方，以斯为惑。夫征讨之策，岂东智而西愚？辅佐之心，何前忠而后乱？故晋明掩面，耻欺伪以成功；石勒肆言，笑奸回以定业。古人有云：“积善三年，知之者少，为恶一日，闻于天下。”可不谓然乎！虽自隐过当年，而终见嗤后代。亦犹窃钟掩耳，以众人为不闻；锐意盗金，谓市中为莫睹。故知贪于近者则遗远，溺于利者则伤名；若不损己以益人，则当祸人而福己。顺理而举易为力，背时而动难为功。况以未成之晋基，逼有余之魏祚？虽复道格区宇，德被苍生，而天未启时，宝位犹阻，非可以智竞，不可以力争，虽则庆流后昆，而身终于北面矣。
因为《三国志》出自晋朝，陈寿出于政治需要必须要使司马氏成为正义的一方，所以单凭《三国志》不能得出司马懿忠心的结论，以上的资料仅供参考，并非结论。按：陈寿的作品属于私人撰写，在当时也被认为比官方的《魏书》更真实，书中没有以晋朝和司马氏为主体，不存在为司马氏歌功颂德的内容，许多司马氏活动的重要内容都没有记载，甚至有对司马氏误解和歪曲的内容。陈寿是被当时社会普遍公认的杰出史学家，张华、杜预等优秀人士都推崇他的才学。
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