在九州的六国两岛内，神道、佛道以及耶稣教会都被允许存在，宗教并不违法，而挑起宗教事端或则造成各个教信徒对立的，就会遭受到极其严厉的制裁。另一方面，秀秋还在制定神道、佛道、耶稣教会等等宗教不能得到任何的土地，没收来耶稣教会在长崎、茂木的土地也提上来议程。
另一方面，文化部开始在民众当中传播西班牙、葡萄牙的恶行，还将耶稣教会的罗马教皇将大和民族列为三等贱民的宣告出来，引起来耶稣教会在九州的骚动，也引起来民众的反感，越来越多的地方出现了反抗耶稣教会的行为。
庆长五年（1600年）九月下旬，萨摩鹿儿岛的耶稣教会传教士葡萄牙人莫雷拉强行向大和人传教，蓄养并且迫害奴隶，被鹿儿岛的新任奉行官抓捕并且判罪。
这一件事情原本并不是非常复杂，但是奉行官们很快就搜查出来的书信当中发现，许多耶稣教会的传教士开始秘密串联，他们蛊惑并且鼓动当地的教民，阴谋反抗政府。
当月十九日，教徒围攻鹿儿岛地方裁判所，莫雷拉脱逃，次日他宣布九州太宰府违背来上帝、圣母、教皇所颁布之神圣旨意，引诱天主的信徒走向迷惘、愚昧、邪乱和堕落的边缘。
他号召所有天主教徒发动圣战，来推翻九州太宰府的统治。一时间岛原、天草两地的信徒暴动起来，包括已经被剥夺了领地的锅岛直茂和大村喜前也加入了这场斗争当中去来，局势顿时有些收势不住的样子。
九州肥前的岛原半岛是战国时代切支丹大名有马喜前的领地，有着不少热烈信仰的教徒和侵略朝鲜等战役躲避战祸流落此地的浪人武士，更是聚集来一批秀秋没落了领地石高的武士。
而岛原南面的天草岛，本是另一名切支丹大名小西行长的旧领地，九州光复战争后小西行长移封到来筑后柳川。这里是天主教在日本的发祥地，丰臣秀吉禁教后还将各地的神学院、修道院全都移动到这里来，传播西洋文化。
十月一日，本是一个快乐的日子，在莫雷拉的授意下，原大村家主大村喜前的家老大村直宪汇合了七、八百人包围了并放火烧了岛原港口的奉行馆舍，杀害了数名日野江六万五千石领主有马晴信派来的奉行官，开始聚集兵力向着日野江城进发。
同时在天草的信徒也在传教士的蛊惑下发动起义，围攻天草的本渡、栖本两城。
这是一场耶稣教会为了能够在九州获得生存权的一场有计划有行动纲领的大规模暴动，传教士们推举莫雷拉为首领，开始在各个地区宣传，一些不知道新政的信徒、民众开始大规模爆发骚乱。
十月九日，耶稣教会在天草的传教士率领着上百信徒冲到了南端的久玉城，当时的久玉城守军只不过三十来人，在久玉城里应外合下，破门而入，同时将那些不甘投降当奴隶的士兵脱下衣服，用火把拷问。当场举行来隆重而简陋的火葬仪式，十余名士兵绑缚在十字架上活活烧死。
久玉城立刻架起巨大的火堆，似乎在给远航的船队进行指使一般。
十月十九日，在莫雷拉的领导下，两地除了日野江城还在有马晴信的控制下外大部分地区已经被起义军所控制，参加起义的群众越来越多，岛原南部大部分人不分男女老幼一起参加起义军。
从阶级成分来看，除了农民外，还有手工业者和藩主的奴仆，有天主教徒，也有佛教徒。一些上层农民如村吏、因失去旧藩主而沦为农民的浪人武士，担任了起义军的指挥。
莫雷拉手下的两名重要助手，一人是锅岛直茂，另外一人是大村喜前，他们两人具体召集浪人武士发动对各地的起义暴动。
正当莫雷拉领导的耶稣教会在岛原、天草两地发生暴动的时候，吕宋岛上的总督摩尼特命令格波特船长率领着六十余艘战船四千多人开始了远航，目标正是九州。
这一切都是一场有预谋有整备的行动，先是让莫雷拉在九州发生暴动，然后吕宋岛的葡萄牙海军开始远航，逼迫九州太宰府投降。
当然，秀秋以及他的九州太宰府不清楚他们的目标是什么，也不清楚他们还有没有下一步计划，只知道岛原、天草两地爆发来前所未有的大暴动。
秀秋没有停顿多长时间，马上下达一系列命令，开始组织兵力向着岛原半岛进发，关于葡萄牙人想要彻底奴役大和民族的谣言也在文化部的传播下有根有据的开始在民众当中传播，宣扬耶稣教会要在九州建立耶稣教会统治下的神国的传言。
秀秋还没有发动战争前的演讲，彻底激怒了大和民族民族主义的自信心，开始聚集在九州太宰府的身边声嘶力竭得声讨耶稣教会的恶行，大暴动很好的控制在岛原和天草两地，其他地方虽然也有暴动的迹象，但是在众多民族主义者的推动下湮灭在了萌芽当中，耶稣教会受到来惨重的灾难。
秀秋亲率一万五千大军到达岛原的时候，天草诸岛的暴动分子在莫雷拉的指挥下乘船来到了岛原，一下子岛原上的起义军达到四万二千多人，其中大部分是妇女儿童，精壮不足万余。
正在围攻日野江城的起义军得知秀秋率领大军到来，只得退入了岛原南端的原城。
十一月一日，秀秋开始包围原城，利用五十余门从各地搜集来的大筒炮轰原城，然后利用从朝鲜远征军手中得到的数千把战利品强弓，开始对着原城进行密集攻击，一下子岛原起义军伤亡惨重。
原大村领主大村喜前在当日的强袭中中箭重伤不治死亡。
同月中旬，九鬼广隆率领着沼田水军从海上炮轰原城，终于让原城的守军无处可逃。
由于起义军长崎困守孤军，终于粮弹告竭，只能吃草根树皮。
……
已经行船数千里，在半路上遭遇了林凤部百余艘帆船的攻击下，惊魂未定的远征军总司令格波特终于看到了一个岛屿群。
格波特望着这一片岛屿群，对着身边的二副，说道：“我们现在的位置是在哪里？”
二副亚尔特是格波特船长的亲信，他看来一眼海图，说道：“那里应该就是那霸！”
格波特摇了摇头，说道：“不，那里是我们的新大陆格波特群岛，我格波特船长将在那里行驶上帝赋予葡萄牙王国的权利，告诉全体船员，目标格波特群岛。”
亚尔特露出狂热的目光，嘎嘎狂笑，大声呼喝着手下的那一批还没有醒过来的水手们，喊道：“格波特群岛将是上帝赐予我们葡萄牙人的瑰宝，我们要从那些蛮夷手中夺回来，整备好炮弹，出发。”
水手们开始忙碌起来，转动了些许方向，向着那霸港口出发了。
亚尔特低声询问道：“船长，总督的命令如何处理？”
格波特冷冷一笑，说道：“你也许不清楚日本国是一个什么样的国家，我却是清楚的很，当年他们起兵百万与明朝的大军战于朝鲜，你是不清楚那个惨况。”
亚尔特咽下了一口气，说道：“百万大军，你是说日本国有百万大军！”
格波特点点头，说道：“差不离，你说说单凭着我们的实力有能力统治那一片蛮夷之地吗？”
亚尔特不语。
格波特继续说道：“你没有发觉占领这个群岛的好处没有，从海图上可以看出，这片海岛正好处于明国、朝鲜国、日本国三国的中间位置，商贸一定将是十分发达，如果能够在这一片土地上当一名总督，如此一来我们的家族依靠着财贸辉煌起来！”
远征军总司令格波特转变了方向，向着琉球群岛中最繁荣的不夜港——那霸伸出了魔掌。
失去了吕宋方面的支援，困守孤城的起义军开始大规模的反攻，但是秀秋利用这一段时间在原城外的几条通道上修建起了高达的城堡，利用大筒轰击，没有反攻成功，反倒是留下来数千尸体。
秀秋留下松野重元继续指挥大军围困原城，自己返回太宰府处理政事。
岛原大起义反倒成为了一座孤城，其他地方开始了有条理的恢复农业基础的行政，烧毁了大量的高利贷欠条，获得了民众的支持。
岛原大起义在庆长六年（1601年）四月十一日结束了，整座原城无一幸免，莫雷拉在了无希望下放火烧了原城，锅岛直茂、胜茂父子两人的尸体也没有寻找到。
此刻秀秋还不清楚的是，正在那霸港行虐多时的格波特人在那霸港内修建城堡，想要长期占据，遭到了尚氏王朝的顽强抵抗，死伤惨重，带着三十艘战船浩浩荡荡得向着九州鹿儿岛赶来。
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