三藩之乱被平定后，康熙决意收复台湾。
一六六一顺治十八年十二月，郑成功率军攻占台湾，结束了荷兰侵略者在台湾长达三十八年的统治。从此，郑氏政权以台湾为根据地，以金门、厦门两岛为支点，继续与清廷抗争，使清政府在东南沿海地区的政局很不稳定。
一六六二康熙元年五月，郑成功逝世，他的儿子郑经驻守在厦门，其弟郑袭在黄昭、肃拱宸的策动下，假借郑成功遗言，阴谋袭取藩主位置。郑经获悉这一消息后，立刻偕同周全斌、陈永华与冯锡范等准备率军赴台湾正位。
清廷乘郑氏政权内部发生内哄之际，福建总督李率泰、靖南王耿继茂等派遣都司王惟明、李振华同总兵林忠前往厦门，以遵制削发登岸，自当厚爵加封为条件，以招抚郑经。
于是郑经暂停台湾之行，召集伯郑泰、洪旭、黄廷等军事首脑会议议定，欲效朝鲜事例，不削发，称巨纳贡，以此作为和谈条件。
是年八月，李率泰、耿继茂又差林忠等到厦门劝谕，要郑经将前此所占各州县的印信交还给清廷，并派员去漳州酌议，尔后带上奏章往京城请旨。郑经在内外交困的逆境下，不得不暂借清廷招抚之名，阳奉阴违，赢得时间，欲待平息内患后再作打算。
于是，郑经遣杨来嘉、吴荫为使臣，携带前此所得各州县之印共二十五颗，随林忠到漳州和谈。
耿继茂、李率泰一面厚待郑经使臣，并差员同杨来嘉等人一起入京上奏待命；一面乘郑氏叔侄争权之机，随檄水师提督施琅、提督马得功、海澄公黄梧及诸路总兵等，暂且按兵不动，要他们趁机密布间谍，挑动郑氏政权内部矛盾，使其互相猜疑，以乱人心。
与此同时，郑经也抓住招抚的空隙，将金、厦各岛事务交伯郑泰、洪旭和黄廷等调度。周年十月，他同周全斌率领舟师疾赴台湾。师至澎湖，先差礼官郑斌往台湾向当地官兵宣告：世藩亲统六师抵台奔丧，各镇官兵应分屯驻守原地。随后，郑经率军除灭了黄昭、肃拱宸等倡乱首恶，以礼宽待其叔郑袭，这样使台湾局势很快稳定下来。于是，郑经命郑省英为承天知府，颜望忠镇守安平镇，黄安提调承天府暨南北两路兵马地方军务。
同年十二月，杨来嘉从京城返回厦门，报称清廷必欲郑氏剃发登岸，然而毫无结果。
一六六三康熙二年正月，郑经偕同周全斌、陈永华与冯锡范等率亲军五总旗下兵丁共四千余人，战船九十余艘，自台湾返回厦门。诸将都来迎接，惟有伯郑泰在金门称疾没来。
原来，郑经曾于黄昭营中搜出郑泰勾结黄昭图谋篡权的亲笔密信数封，郑经虽然将密信暗藏起来，不露风声，但郑泰心中有鬼。这时，周全斌向郑经献计说：彼船只倍多，未可轻举，急则变矣！不如用香饵法饵之。郑经忙问：何谓香饵？周全斌不慌不忙地答道：藩主可假言向泰宣称台湾新创，地方无人约束，恐怕发生意外，决意将眷属搬往台湾安插，然后西向，金、厦两岛只好暂交伯总制，这样，泰必安心。郑经点头称好。六月，郑经特派礼官郑斌、户官吴慎两人赶赴金门，将金厦总制印交付郑泰，并向郑泰转达郑经的命令说：经将东行台湾，金、厦诸岛，烦伯总制。郑泰受印后，十分欢欣，厚待郑、吴两人。但郑泰心怀疑惧，总不敢至厦称谢。同月初四，郑经将刘国轩、黄安等眷口第一批载往台湾，郑经将刘国轩、黄安等眷口第一批载往台湾，郑泰稍稍释疑，方于同月初六亲往厦门谒见郑经。郑经待郑泰礼意倍厚，又嘱托郑泰要一心担当起固守金、厦的重任，郑泰对郑经的这一番深情厚意砰然心动，疑虑顿释。翌日郑经置酒邀泰议事，郑泰坦然从命。
其实郑经早已布置甲兵暗伏于内。等到酒过三巡，郑经突然掷杯于地，甲兵立刻奔出，郑泰猝不及防，被当场擒住。郑泰大声疾呼：我有何罪？郑经立时沉下脸来，出示郑泰与黄昭图谋篡位的密信，郑泰一时语塞，无言以对。郑经立命郑泰自缢。并遣周全斌率舟师飞速进踞金门。
郑泰弟郑鸣骏闻讯，连忙偕同杨来嘉、杨富等带领所部官兵船舰向清提督马得功投降，接着郑泰子郑钻绪与其弟都督郑庸、郑经叔、伯平国公郑世袭、定国公郑耀吉等郑氏亲族以及庆都伯王秀奇、忠靖伯陈辉、左都督陈舜穆、副都统何义等一批重要将领也陆续归顺清廷。
由争权引发出郑氏家族内部的火并使郑氏政权的自身力量大减，驱走了一批谙熟水战的将军、都督、总兵、参领、游击、守备、千、把总等将弁与兵丁，带走了大量船舰器械等装备，仅郑泰子郑钻绪就带走所部文武官员四百名，水陆兵丁七千三百名，舟舰一百八十艘。
这批投诚官兵都受到清廷的优待和重用。清廷授予原同安伯郑鸣骏为遵义侯、原永诚伯郑钻绪为慕恩伯、原都督何义、陈舜穆为左都督等，后来他们成了清水师的骨干力量，为瓦解和消灭郑氏政权起了很大作用。
对于台湾问题，清政府在招抚未成之后，转入武力征剿。
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