康熙一面部置进攻金、厦，他批复由总督姚启圣精选的一万四千名水兵拨给万正色统领，并按照万正色的意图，增置援剿左、右、前、后四镇，任命从郑方投诚过来的林贤等为总兵，遣吏部郎中萨尔图协同巡抚吴兴祚速行修治战舰二百五十艘，又上谕江南总督阿席熙选拔熟练炮手二千名，一概送提督军前应用，不能耽误万正色出师日期。
另一面，康熙指示：进取厦门、金门，事关重大。当日破贼，克金、厦二岛，曾用荷兰夹板船，今入海征剿，既乏坚固巨舰，荷兰舟师又不时至，战舰无多，遽以入海，恐变出万一，未能得志。
议政王大巨等认为前取金门、厦门既用荷兰兵船破贼，今亦应用荷兰国船兵合力举行，则有济大事，实为显然，请敕总督姚启圣、将军杨捷、巡抚吴兴祚、提督万正色等商议，倘若他们以为自己所备兵力能破敌人舟师，断无踪虞，真有灼见，可听从他们酌量而行；如少有疑虑，不可以前经具题，惮于更改，勉强从事。康熙对此表示同意，于是敕令总督、巡抚、提督等会商定议奏闻。
总督姚启圣和提督杨捷主张待荷兰船到，一同进兵；巡抚吴兴祚、提督万正色力主不候荷兰船到，即行进兵，双方各执已见，反复争论。最后，巡抚吴兴祚上疏向康熙陈述了他与万正色的决意进兵的意见，他们具体地分析了双方形势，提出了作战的具体方案，表达了依靠自身力量，断可取胜的信心。康熙阅览了二人联名的奏章，满怀信心和喜悦，立即下令进兵。
一六八零康熙十九年二月初四日，万正色统率水师由定海进发，初六日抵海坛。万正色即将前锋分为六队直向前冲，自己亲率舟舰继后，并出动全部轻舟，从左右两面，并力夹攻，炮火齐发，击沉郑船十六艘，郑兵溺水而死的三千余人，郑军溃败。清师进占海坛后，随即乘胜追剿敌兵至平海屿，同巡抚吴兴祚会师，继续南下。同月二十日，郑将朱天贵、林陛率三百余艘船舰速踞崇武，同清水师激战，被清水师击沉战船二十余艘，仓促逃遁，万正色率水师进占崇武。
康亲王杰书调驻防杭州的副都统倭申巴图鲁率满洲、绿营官兵逼近厦门及为郑军屯粮之所的大定、小定诸岛后，立即率领水陆大军分进，规取玉洲。郑将刘国轩向石码、海澄奔窜，清水师紧紧尾追，刘国轩复走厦门。郑总兵苏堪开海澄西门投降，至此石码、海澄等地收复。
总督姚启圣与平南将军赖塔率水陆官兵分七路进剿，攻占陈州、马州、湾腰山、观音山等十九寨，巡抚吴兴祚同宁国将军喇哈达由同安进剿，攻占丙洲、浔尾后，随即分兵三路直渡厦门，郑军溃败。二十八日，清师入厦门城。继而，攻占金门。
这时郑总兵马兴龙往来铜山、南澳等处，继续顽抗。总督姚启圣密遣总兵朱光祖招抚逃住铜山的郑将朱天贵，朱天贵乘诸镇将集议军机时，设计擒获马兴龙父子及其弟五人，将他们沉死海中。
同年五月，朱天贵率领诸镇将及二万官兵和船三百余艘，向清投降。之后，郑军全部撤至台湾。
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